Artykuł 291c Ordynacji podatkowej stanowi, iż do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą stosuje się przepisy rozdziału 5 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej. Natomiast art. 79 ust. 1 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej wyraźnie przewiduje, iż organy kontroli mają obowiązek zawiadamiać przedsiębiorcę o zamiarze wszczęcia kontroli. Potwierdza to również art. 282b Ordynacji podatkowej, który przewiduje, iż wszczęcie kontroli podatkowej wymaga uprzedniego zawiadomienia kontrolowanego przez organ podatkowy o takim zamiarze. Także wszczęcie postępowania kontrolnego prowadzonego przez organy kontroli skarbowej musi zostać poprzedzone zawiadomieniem o zamiarze wszczęcia postępowania kontrolnego (art. 13 ust. 1a ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej).
Ratio legis takiego rozwiązania prawnego nie budzi większych wątpliwości. Celem instytucji zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej jest bowiem zwiększenie zaufania podatników do organów podatkowych oraz umożliwienie kontrolowanym przygotowania właściwej organizacji procesu pracy na czas planowanej kontroli. Zawiadomienie o wszczęciu kontroli podatkowej wymusza również na organach podatkowych zarządzanie czynnościami kontrolnymi w taki sposób, aby organy realizowały swoje zadania zgodne z przepisami regulującymi wszczęcie i prowadzenie kontroli podatkowej oraz z zasadami szybkości, ekonomii i gospodarności.
Jedynie wyjątkowo, i w ściśle określonych w ustawie przypadkach organ może odstąpić od obowiązku zawiadomienia o planowanej kontroli. Możliwość taka dotyczy bowiem wyłącznie przypadków przewidzianych w przepisach art. 79 ust. 2 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej oraz określonych w art. 282c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa. Przy czym po wszczęciu kontroli podatkowej bez uprzedniego zawiadomienia, na organie podatkowym spoczywa dodatkowy obowiązek poinformowania kontrolowanego o przyczynie braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli.
Organy podatkowe nie mają obowiązku zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, jeżeli kontrola:
- dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług,
- ma być wszczęta na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe,
- dotyczy opodatkowania przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych,
- dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej,
- ma być podjęta w oparciu o informacje uzyskane na podstawie przepisów o przeciwdziałaniu wprowadzaniu do obrotu finansowego wartości majątkowych pochodzących z nielegalnych lub nieujawnionych źródeł oraz o przeciwdziałaniu finansowaniu terroryzmu,
- zostaje wszczęta w trybie, o którym mowa w art. 284a § 1,
- ma charakter doraźny dotyczący ewidencjonowania obrotu za pomocą kasy rejestrującej, użytkowania kasy rejestrującej lub sporządzania spisu z natury;
- dotyczy podatku od wydobycia niektórych kopalin.
Organy podatkowe nie mają również obowiązku zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli, jeżeli organ posiada informacje z których wynika, że kontrolowany: został prawomocnie skazany w kraju za popełnienie przestępstwa skarbowego, przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu, przestępstwa zasadom rachunkowości lub wykroczenia polegającego na utrudnianiu kontroli albo jest zobowiązanym w postępowaniu egzekucyjnym w administracji albo nie ma miejsca zamieszkania lub adresu siedziby albo doręczanie pism na podane adresy było bezskuteczne lub utrudnione. Przyczyna odstąpienia od obowiązku zawiadamiania kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli musi być podatnikowi znana oraz musi wynikać ze wskazanych wyżej przepisów.
Pomimo jasno określonych w ustawie zasad wszczynania kontroli podatkowej, jednym z najczęstszych problemów praktycznych z jakimi obecnie stykają się podatnicy są nagłe i niezapowiedziane wcześniej kontrole podatkowe organów podatkowych. Organy podatkowe powszechnie wszczynają kontrole bez żadnego uprzedzenia podatnika w tym zakresie. Niechlubną praktyką organów podatkowych stały się niezapowiedziane wizyty urzędników podatkowych w celu wszczęcia czynności kontrolnych. Częstą praktyką organów jest również zaniechanie obowiązku informowania podatnika o przyczynach odstąpienia od obowiązku zawiadomienia. Bezprawne zaniechania organów przed podjęciem pierwszych czynności kontrolnych powodują, iż podatnicy nie mają możliwości zweryfikowania, czy nawet zidentyfikowania, prawidłowości zastosowania któregoś
z wyjątków od obowiązku zawiadomienie o wszczęciu kontroli.
Jeżeli kontrolujący podjęli czynności kontroli z naruszeniem obowiązku zawiadomienia kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli podatnik może wnieść sprzeciw do organu kontroli. Sprzeciw może dotyczyć również innych naruszeń prawa, których dopuścił się organ np: przekroczenia dopuszczalnego czasu trwania kontroli, podjęcia kontroli bez okazania legitymacji służbowej i upoważnienia do przeprowadzenia kontroli oraz niepoinformowania kontrolowanego o jego uprawnieniach i obowiązkach w trakcie kontroli. Sprzeciw wnosi się na piśmie do organu kontroli, o czym zawiadamia się kontrolującego (pracownika organu kontroli). Obowiązuje krótki, trzydniowy termin na wniesienie sprzeciwu liczony od dnia wszczęcia kontroli. W wyniku rozpoznania sprzeciwu organ kontroli wydaje postanowienie o odstąpieniu od czynności kontrolnych lub kontynuowaniu czynności kontrolnych. Na niekorzystne postanowienie organu przysługuje podatnikowi zażalenie. Odstąpienie od czynności kontrolnych nie oznacza jednak, iż organ nie może ponownie wszcząć kontroli podatkowej w tym samym przedmiocie, gdyż w zakresie spraw nierozstrzygniętych decyzją ostateczną organu podatkowego, kontrola podatkowa może być ponownie wszczęta.
Z dotychczasowej praktyki Naszej Kancelarii wynika, że inną konsekwencją wszczęcia kontroli bez zawiadomienia o zamiarze jej wszczęcia może być bezwzględny zakaz dowodowy. Przeprowadzenie czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów regulujących prowadzenie kontroli podatkowej skutkuje niemożnością wykorzystania zebranych dowodów. Powyższa sankcja wynika wyraźnie z art. 77 ust. 6 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, który stanowi, iż dowody przeprowadzone w toku kontroli przez organ kontroli z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy, jeżeli miały istotny wpływ na wyniki kontroli, nie mogą stanowić dowodu w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karno-skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy. Potwierdza to wyrok WSA w Poznaniu z dnia 2 lutego 2011 r. w którym sąd ten zajął stanowisko, iż podjęcie kontroli z pominięciem doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli i bez możliwości zweryfikowania zastosowania któregoś z wymienionych powyżej wyjątków stanowi istotne naruszenie prawa, które miało istotny wpływ na wynik sprawy (tak wyrok WSA w Poznaniu z dnia 2 lutego 2011 r., I SA/Po 707/10, www.nsa.gov.pl).
