W tym drugim przypadku jest to opłata związana z przekroczeniem lub naruszeniem warunków prawidłowego korzystania ze środowiska.
Opłaty za gospodarcze korzystanie ze środowiska są kosztem związanym z ogólnym funkcjonowaniem przedsiębiorstwa, których nie można przypisać do konkretnego przychodu i ponieważ są opłaty podstawowe, nałożone przez przepisy mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów. Art. 16 ust 1 pkt. 19) ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych zabrania zaliczać do kosztów podatkowych kar, opłat i odszkodowań oraz odsetek od tych zobowiązań z tytułu nieprzestrzegania przepisów w zakresie ochrony środowiska. Nie zabrania natomiast zaliczania do kosztów uzyskania przychodów tych opłaty podstawowych. Nie ma też tu warunku związanego z koniecznością zapłaty tej opłaty. A zatem jako koszty mające pośredni związek z przychodami podatnika można je ująć w kosztach uzyskania przychodów w dacie ich poniesienia.
Dniem poniesienia kosztu u podatników prowadzących księgi rachunkowe jest dzień, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury lub rachunku, albo dzień, na który ujęto koszt na podstawie innego dowodu w przypadku braku faktury lub rachunku (art. 22 ust. 5d ustawy o pdof). Ponieważ w rachunkowości obowiązuje zasada memoriału, opłaty za gospodarcze korzystanie ze środowiska powinny być ujęte w księgach rachunkowych roku, którego dotyczą.
Zgodnie z powołaną zasadą, opłata za gospodarcze korzystanie ze środowiska, dotycząca danego półrocza, powinna zostać przypisana do tego właśnie półrocza.
Problem pojawia się w związku z opłatą za II półrocze, która jest opłacana i często zarachowywana w księgach rachunkowych w kolejnym roku.
Ale wypowiedział się w tej sprawie między innymi Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z dnia 1 grudnia 2009r nr ILPB3/423-737/09-5/KS, który uznał za prawidłowe zdanie spółki, która stwierdziła, że dla celów podatkowych, koszty ponoszone z tytułu opłat za korzystanie ze środowiska należy zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów w dacie ujęcia kosztu w księgach rachunkowych, czyli opłata za pierwsze półrocze każdego roku zarachowana pod datą 30 czerwca będzie kosztem podatkowym na koniec czerwca, natomiast opłata za drugie półrocze każdego roku zarachowana pod datą 31 grudnia będzie kosztem tego samego roku podatkowego.
Kluczowe jest tu też jednak zarachowane tej opłaty w rachunkowości, jako koszt danego roku czyli w przypadku opłaty za II półrocze 2012 ujęcie jej jako kosztu na 31 grudnia 2012.
Natomiast odsetki karne wynikające z nieterminowego uregulowania zobowiązania będą kosztem niestanowiącym kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust 1 pkt. 21 updop. Nie uważa się za KUP odsetek za zwłokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych i innych należności, do których stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej, a na podstawie art. Art. 2. par 1. Ust 1ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa przepisy ordynacji stosuje się do podatków, opłat oraz niepodatkowych należności budżetu państwa oraz budżetów jednostek samorządu terytorialnego, do których ustalania lub określania uprawnione są organy podatkowe.
