Co prawda z dniem 1 stycznia 2011 r. ustawodawca ostatecznie wykluczył – popularną wśród podatników w poprzednich latach – opcję aktualizowania wartości podatkowej aktywów w drodze wkładu niepieniężnego wnoszonego do spółki osobowej, niemniej spółka komandytowa nadal oferuje istotne zachęty podatkowe (zwłaszcza w zestawieniu ze spółkami kapitałowymi).
Przede wszystkim, w przeciwieństwie do spółki z o.o. lub spółki akcyjnej, w przypadku prowadzenia działalności w formie spółki komandytowej istnieje tylko jeden „poziom” opodatkowania podatkiem dochodowym: na poziomie wspólników spółki. Wynika to z tzw. „przezroczystości” podatkowej spółki komandytowej, cechy wspólnej dla wszystkich spółek osobowych przewidzianych polskim prawem. W efekcie, dochody wypracowane przez spółkę komandytową podlegają opodatkowaniu (na bieżąco, w postaci miesięcznych zaliczek) wyłącznie u jej wspólników, przy czym zarówno przychody, jak i koszty ich uzyskania rozlicza się w proporcji do udziału danego wspólnika w zyskach spółki. Powyższy model opodatkowania nie tylko pozwala na znaczące obniżenie efektywnej stawki opodatkowania osiąganych dochodów (z ok. 34,4% do 19% PIT dla komandytariusza będącego osobą fizyczną), ale umożliwia również elastyczne kształtowanie proporcji uczestnictwa w zyskach spółki (niekoniecznie w proporcji odpowiadającej wniesionym wkładom). Jednocześnie, spółka komandytowa jest podatnikiem w zakresie pozostałych podatków (VAT, podatku od czynności cywilnoprawnych, podatku od nieruchomości itd.).
W porównaniu do spółek kapitałowych, z perspektywy podatkowej, znaczne różnice występują w obszarze finansowania spółki komandytowej. Wprawdzie o ile wkłady pieniężne wspólników, podobnie jak przy spółkach kapitałowych, także podlegają opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych według stawki 0,5%, to już pożyczki udzielane przez wspólnika spółce komandytowej nie mogą korzystać ze zwolnienia przewidzianego dla pożyczek na rzecz spółek kapitałowych. Warto wspomnieć, że zarówno organy podatkowe, jak i sądy administracyjne konsekwentnie odmawiają spółce komandytowej statusu „spółki kapitałowej” w rozumieniu szerokiej definicji zawartej w Dyrektywie 2008/07 z 12 lutego 2008 r. (np. WSA w Bydgoszczy z dnia 21 czerwca 2011 r., sygn. akt I SA/Bd 206/11), a tym samym dostępu do preferencji podatkowych w ramach działań restrukturyzacyjnych. Rezultatem są liczne rozbieżności i spory interpretacyjne w zakresie np. podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych przy przekształceniu spółki kapitałowej w spółkę osobową. Co więcej, z tytułu ww. przekształcenia obciążeni (podatkiem dochodowym) mogą również zostać wspólnicy-osoby fizyczne, o ile w przekształcanej spółce kapitałowej będą występować zyski niepodzielone.
Z kolei potencjalną zaletą finansowania długiem spółki komandytowej jest możliwość uniknięcia restrykcji wynikających z tzw. niedostatecznej kapitalizacji. Istotne jest przy tym jednak odpowiednie uwzględnienie przepisów ograniczających zaliczanie do kosztów podatkowych odsetek od własnego kapitału włożonego w źródło przychodów.
W odróżnieniu od spółek kapitałowych, aporty wnoszone do spółki osobowej są neutralne w podatku dochodowym dla wspólników nawet wtedy, gdy nie przyjmują formy przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części. Zasada ta została ostatecznie usankcjonowana nowelizacją, która weszła w życie dnia 1 stycznia b.r. Niestety, ustawodawcy nie udało się równocześnie w sposób jednolity uregulować zasad opodatkowania wspólnika z tytułu wypłat otrzymywanych ze spółki osobowej (zwrotu wkładów i przypadającej nań części majątku spółki). W szczególności, wprowadzone regulacje ustawowe dotyczą jedynie likwidacji spółki osobowej i wystąpienia z niej wspólnika, brak jest natomiast przepisów podatkowych określających jego dochód na moment obniżenia udziału kapitałowego lub zbycia ogółu praw i obowiązków w spółce na rzecz osoby trzeciej. W efekcie, w przypadku tych dwóch ostatnich transakcji, trzeba liczyć się z ryzykiem sporu z organami skarbowymi – tym bardziej, że zgodnie z dotychczasową praktyką podatkową, urzędy nakazują opodatkować takie dochody po stronie komandytariusza-osoby fizycznej według skali podatkowej.
Ponadto, wspólnicy spółki komandytowej mogą czerpać dochody także w innych przewidzianych prawem formach np. tytułem zaliczek na poczet przyszłych zysków spółki lub w drodze pożyczek.
W świetle powyższego, spółka komandytowa niewątpliwie może stanowić bardziej efektywną podatkowo i elastyczną prawnie formę prowadzenia działalności niż spółka kapitałowa. Z drugiej strony jednak, pomimo dokonanych zmian legislacyjnych, nadal istnieją obszary możliwych sporów podatkowych, znajdujących potencjalnie finał dopiero w sądach administracyjnych. Dlatego też zasadnym wydaje się postulat kolejnej nowelizacji ustawowej, zwłaszcza w zakresie podatków dochodowych.
