Warto również mieć na uwadze, iż NSA w wyroku z dnia 7 czerwca 2005 r. (sygn. akt II FSK 12/05), podkreślając wyjątkowość instytucji „szacowania”, wskazał, że ustalona w tym trybie podstawa opodatkowania nie jest tożsama z faktyczną podstawą opodatkowania. Powinna jednak maksymalnie zbliżać się do tej wielkości. Szacowanie powinno być oparte na realnych założeniach. Dokonując go, należy uwzględnić logiczne metody rozumowania oraz zasady doświadczenia życiowego.
Trzeba również wskazać, iż postępowania szacunkowe powinno być prowadzone z uwzględnieniem reguł postępowania dowodowego, w taki sam sposób, jak czyni się to przy wydawaniu innych rozstrzygnięć. Każdy dowód wykorzystywany w postępowaniu prowadzonym na zasadach ogólnych może być również wykorzystywany przy szacowaniu podstawy opodatkowania, oczywiście o ile może się przyczynić do wyjaśnienia sprawy. Tym samym w trakcie postępowania szacunkowego możliwe jest powoływanie dowodów z przesłuchania świadków czy też opinii biegłych sądowych. Należy również zaznaczyć, iż “wymiar podatku ustalony w drodze szacunku wymaga od organu podatkowego szczególnej staranności w zbieraniu materiału dowodowego, wnikliwej analizy i oceny całokształtu zebranego w sprawie materiału dowodowego” (wyrok NSA z 17 października 1989 r., III SA 952/89).
Co więcej, zgodnie z utrwaloną linią orzeczniczą sądów administracyjnych, organ podatkowy nie posiada uprawnienia do kwestionowania ekonomicznych decyzji podatnika (wyrok NSA – Ośrodek Zamiejscowy we Wrocławiu z dnia 13 lutego 1996 r.). Tym samym nietrafione są niejednokrotnie podnoszone przez fiskusa argumenty, iż ustalenie marży na poziomie, który nie zapewni przedsiębiorcy określonego dochodu lub nawet przyniesie stratę finansową, ma charakter nierzeczywisty. Organy podatkowe dokonując szacowania powinny bowiem uwzględniać, iż ustalenie marży na niskim poziomie może być spowodowane długofalową strategią marketingową.
