W ocenie Sądu korzystanie przez podatników z uprawnień nadanych ustawą nie może być uznane za obejście prawa.
Dla celów podatku dochodowego podatkowa grupa kapitałowa traktowana jest jak jeden podmiot. W przypadku gdy jeden z członków podatkowej grupy kapitałowej jest podatnikiem zwolnionym z VAT świadczącym usługi medyczne – a tak było w omawianej sprawie – ponosi on ciężar VAT wykazanego w fakturach otrzymanych od powiązanych podmiotów. Członkowie grupy kapitałowej w takiej sytuacji w celu minimalizacji kosztu VAT mogą teoretycznie kształtować ceny w taki sposób, aby zaniżać obrót, powodując zminimalizowanie kosztu VAT w spółce z tego podatku zwolnionej (i nieuprawnionej do dokonywania odliczenia VAT).
Zgodnie z art. 32 ustawy o VAT organy podatkowe mogą oszacować obrót podatnika odnosząc się do wartości rynkowej dokonywanych przez niego świadczeń, jeśli okaże się, że powiązania między stronami transakcji miały wpływ na wysokość ustalonego wynagrodzenia.
Jak wynika z ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, spółki tworzące PGK mogą ustalać ceny dowolnie. Jednym słowem, spółki tworzące podatkową grupę kapitałową uzyskują przywilej dowolnego ustalania cen bez groźby ingerencji organów podatkowych.
Jednakże w omawianej sprawie organy podatkowe uznały, że jeżeli w transakcjach między członkami PGK zachodzą przesłanki wskazane w art. 32 ustawy o VAT(istnienie powiązań pomiędzy podmiotami), organy podatkowe mają prawo do dokonania przeszacowania obrotu członków takiej grupy.
NSA odnosząc przepisy krajowe do art. 80 Dyrektywy VAT 2006/112, wskazał, iż w celu interpretacji przepisów krajowych zgodnie z zapisami tej Dyrektywy należy odpowiedzieć na pytanie, czy rozliczanie cen transakcyjnych w ramach PGK może zostać uznane za działanie w celu uchylenia się od opodatkowania lub uniknięcia opodatkowania. Zdaniem NSA na tak postawione pytanie należy odpowiedzieć przecząco.
Jedną z korzyści z funkcjonowania w ramach PGK jest przyznana mocą UPDOP możliwość rozliczania cen transakcyjnych w ramach grupy. Jeśli zatem PGK korzysta z uprawnień przyznanych jej z mocy prawa, to z całą pewnością nie można postawić jej zarzutu, iż czyni to w celu uchylenia się od opodatkowania lub uniknięcia opodatkowania VAT. Skoro zaś takiego celu nie można jej przypisać, to stwierdzić należy, iż nie jest w ogóle spełniony warunek zastosowania art. 80 ust. 1 Dyrektywy 112, implementowanego (zdaniem Sądu – nieprawidłowo) w art. 32 ustawy o VAT i wobec powyższego, regulacje w zakresie określania przez organy podatkowe podstawy opodatkowania VAT nie znajdą zastosowania do rozliczeń pomiędzy członkami PGK.
Co oczywiste uznanie, iż art. 32 ustawy o VAT ma zastosowanie do członków grupy kapitałowej, powodowałoby brak możliwości skorzystania przez PGK z uprawnień nadanych jej na mocy UPDOP – czyli kształtowania cen wewnątrz grupy w oderwaniu od wartości rynkowej.
Wobec powyższego, konieczne jest odwołanie się do wykładni systemowej i uznanie, iż w przypadku PGK przepisy o szacowaniu podstawy opodatkowania VAT przez organy podatkowe nie mogą mieć zastosowania.
W przypadku grup kapitałowych, w których jeden z podmiotów jest zwolniony z opodatkowania, np. świadczy usługi w zakresie opieki medycznej , a jednocześnie nabywa usługi od pozostałych członków grupy -zastosowanie schematu podatkowej grupy kapitałowej może prowadzić do uzyskania dodatkowych korzyści. Możliwe jest bowiem zminimalizowanie kosztu nieodliczalnego VAT ponoszonego przez tego członka PGK, który świadczy usługi zwolnione z opodatkowania.
