Tak więc sukcesja wynikająca z połączenia spółek obejmuje również prawo określone w art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, tj. prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, które przysługiwało spółce przejmowanej. Należy jednoznacznie stwierdzić, że spółka przejmująca ma prawo do ujęcia w swojej deklaracji podatkowej VAT-7 podatku naliczonego spółki przejętej. Stanowisko takie potwierdzają Izby Skarbowe w wielu wydanych interpretacjach podatkowych i ten sposób postępowania nie budzi kontrowersji (por. interpretacja indywidualna Dyrektora Izby skarbowej w Poznaniu z dnia 8 sierpnia 2008 toku sygn. ILPP2/443-134/08-2/MR, interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 28 listopada 2008 r., sygn. IPPP2/443-1441/08-2/SAP).
Zasada sukcesji podatkowej ulega zawężeniu na gruncie ustaw szczególnych, za przykład takiego ograniczenia należy uznać brak prawa do uwzględniania strat przedsiębiorców przejmowanych przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania. Wynika to bezpośrednio z art. 7 ust. 3 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych który stanowi, że przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania nie uwzględnia się strat przedsiębiorców przekształcanych, łączonych, przejmowanych lub dzielonych – w razie przekształcenia formy prawnej, łączenia lub podziału przedsiębiorców, z wyjątkiem przekształcenia spółki w inną spółkę.
Wyjątek ten daje możliwość rozliczenia przez spółkę przejmującą – po połączeniu spółek przez przejęcie – strat poniesionych we wcześniejszych latach podatkowych przez tę samą spółkę przejmującą. Ogólna zasada jest więc taka, że w przypadku łączenia spółek przez przejęcie straty własne spółki przejmującej podlegają rozliczeniu na zasadach przewidzianych w art. 7 ust. 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, natomiast straty spółki przejmowanej nie mogą zostać rozliczone przez spółkę przejmującą.
Kwestia rozliczenia zaliczek wpłaconych na podatek dochodowy po połączeniu podmiotów nie została szczegółowo uregulowana przez ustawodawcę. Postępowanie w tym zakresie zależy od ewentualnego zamknięcia ksiąg rachunkowych spółki przejmowanej. Zamknięcie ksiąg rachunkowych spółki przejmowanej zostało uregulowane przez ustawę o rachunkowości. Ustawa ta wskazuje, że księgi rachunkowe zamyka się w jednostce przejmowanej na dzień połączenia związanego z przejęciem jednostki przez inną jednostkę, to jest na dzień wpisu do rejestru tego połączenia. Zatem co do zasady, połączenie spółek skutkuje zatem zamknięciem ksiąg rachunkowych w spółce przejmowanej. Przepisy ustawy o rachunkowości przewidują jednak możliwość odstąpienia od zamykania ksiąg rachunkowych, przy czym dotyczy to wyłącznie sytuacji, w której połączenie spółek jest rozliczane metodą łączenia udziałów i nie powoduje powstania nowej jednostki.
Od zamknięcia ksiąg rachunkowych zależy ewentualne zakończenie roku podatkowego spółki przejmowanej i w konsekwencji również obowiązek ustalenia i ewentualnego opodatkowania dochodu spółki przejmowanej za okres od początku roku obrotowego do dnia połączenia.
W sytuacji niewystąpienia obowiązku zamykania ksiąg rachunkowych wszelkie koszty i przychody spółki przejmowanej uzyskane od początku roku obrotowego do dnia połączenia będą uwzględnione w rozliczeniu podatkowym spółki przejmującej (wynik podatkowy spółki przejmującej za rok podatkowy, w którym dojdzie do połączenia, będzie uwzględniał wszystkie przychody i koszty spółek osiągnięte przed połączeniem, jak i przychody i koszty spółki przejmującej po połączeniu). Spółka przejmująca będzie zobowiązana do złożenia jednej deklaracji CIT-8, uwzględniającej wyniki wszystkich łączących się spółek osiągnięte w roku, w którym doszło do połączenia.
Kolejnym istotnym aspektem dla spółki przejmującej nowo zawiązanej może mieć możliwość stosowania przepisów o sukcesji podatkowej w stosunku do praw i obowiązków wynikających z interpretacji podatkowych wydanych jej poprzednikom. Z wyroku NSA z dnia 27 lutego 2013 r., sygn. akt II FSK 1385/11 wynika, że samo wydanie interpretacji na rzecz poprzednika (spółki łączonej lub przejętej) nie daje możliwości zastosowania się do niej przez jego następcę. Sąd stanął na stanowisku, że następca prawny może skorzystać z ochrony, o jakiej mowa w art. 14k i 14m Ordynacji podatkowej, jeśli podatnik, któremu udzielono interpretacji, zastosował się do niej przed dniem połączenia (przejęcia). Uzyska przy tym ochronę tylko w takim zakresie i na takich samych warunkach, na jakich przysługiwałaby jego poprzednikowi prawnemu.
