W przypadku, w którym efektem korekty deklaracji będzie zmiana wysokości zobowiązania podatkowego, kwoty nadpłaty, kwoty zwrotu podatku lub wysokości straty w wyniku tej korekty nieprzekraczająca 1.000 zł organ podatkowy sam koryguje deklarację, dokonując stosownych poprawek lub uzupełnień. Po skorygowaniu deklaracji organ podatkowy zobowiązany jest do uwierzytelnienia jej kopii i przesłania jej składającemu deklarację wraz z informacją o związanej z korektą deklaracji zmianie wysokości zobowiązania podatkowego, kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku lub wysokości straty bądź informację o braku takich zmian. Jeżeli korygowana kwota przekracza 1000 zł organ podatkowy wzywa składającego deklarację o jej skorygowanie oraz złożenie niezbędnych wyjaśnień, wskazując przyczyny, z powodu których informacje zawarte w deklaracji podaje się w wątpliwość.

Podmiot, który akceptuje dokonaną przez organ podatkowy wpłaca zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę (jeżeli z dokonanej korekty wynika konieczność zapłaty zaległości). Jeżeli jednak podmiot, który złożył deklarację uważa, iż organ podatkowy niezasadnie skorygował jego deklarację, jest on uprawniony do wniesienia sprzeciwu w terminie 14 dni od doręczenia mu uwierzytelnionej kopii. Sprzeciw wnosi się do organu, który dokonał korekty.

Wniesienie sprzeciwu anuluje korektę. W sytuacji, gdy składający deklarację nie wniesie sprzeciwu w terminie, korekta dokonana przez organ podatkowy wywołuje takie same skutki prawne, jak korekta deklaracji dokonana przez podatnika lub płatnika.

Jeżeli w wyniku korekty w opisanym powyżej trybie wystąpi nadpłata podatku, jest ona zwracana składającemu deklarację w terminie 3 miesięcy od dnia następnego po upływie terminu do wniesienia sprzeciwu (14 dni od doręczenia skorygowanej deklaracji).