Do niedawna organy podatkowe uznawały, że w przypadku gdy budynek będący środkiem trwałym jest likwidowany w związku z wytworzeniem w jego miejsce innego środka trwałego (budynku), to jego niezamortyzowana wartość jest kosztem bezpośrednio związanym z budową nowego obiektu. Tym samym należało uwzględniać ją w koszcie wytworzenia nowego środka trwałego, czyli zwiększyć o nią jego wartość początkową.

Jednak od kilku lat takie stanowisko uległo zmianie. Przykładem może być tu interpretacja indywidualna z dnia 18 sierpnia 2009 r., nr DD6/033-46/MDA/PK-8/2009, czy interpretacja indywidualna z dnia 12 września 2011 nr IBPBI/2/423-684/11/SD wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach. Jak wynika jak wynika z art. 22g ust. 4 updof i art. 16g ust. 4 updop a koszt wytworzenia środka trwałego uważa się:

• wartość, w cenie nabycia, zużytych do wytworzenia środka trwałego: rzeczowych składników majątku i wykorzystanych usług obcych,
• koszty wynagrodzeń za prace wraz z pochodnymi,
• inne koszty dające się zaliczyć do wartości wytworzonego środka trwałego.

W obu wyżej wskazanych interpretacjach stwierdzono iż niezamortyzowana część wartości środków trwałych likwidowanych w związku z nowymi pracami inwestycyjnymi związanymi z podstawową działalnością podmiotu, powinna stanowić koszty uzyskania przychodów w miesiącu zakończenia likwidacji tych środków potwierdzonej stosownym protokołem. Bowiem zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o pdop, nie stanowią kosztów uzyskania przychodów straty powstałe w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności. A zatem jeżeli likwidacja środka trwałego następuje bez zmiany rodzaju działalności, wówczas strata z tego tytułu winna stanowić koszty uzyskania przychodów. Warunkiem zaliczenia do kosztu uzyskania przychodów nieumorzonej wartości środka trwałego jest jego faktyczna likwidacja, np. w formie demontażu oraz sporządzenie protokołu fizycznej likwidacji i ujęcie tego zdarzenia w księgach rachunkowych.

Podobnie uznał m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z dnia 19 stycznia 2010 r., nr ITPB1/415-824b/09/DP oraz Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 29 października 2009 r., nr IPPB1/415 684/09-2/AM.