Regulacje ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: updop) i analogicznie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przewidują zwolnienia przedmiotowe w zakresie otrzymywanych przez podatników środków pomocowych w zależności od m.in. sposobu finansowania i podmiotu finansującego ich wypłatę. Jednak zgodnie z podejściem większości organów podatkowych przewidziane w obu ustawach zwolnienia nie obejmują swym zakresem środków otrzymywanych na podstawie SPO WKP. Organy kierowały się wytycznymi wynikającymi z pism Ministra Finansów z dnia 23 sierpnia 2006 r. (sygn. DD 6-8213-241/DZ/06/6940) oraz 12 stycznia 2007 r. (sygn. PT1-063-299/MBK/06/PJNE284).
W kontekście dyskusji na temat zakresu stosowania przewidzianych w updop zwolnień, należy przede wszystkim zwrócić uwagę na istotny aspekt prezentowanego przez organy podatkowe stanowiska. Mianowicie podatkowe rozliczenie otrzymanego dofinansowania uzależnione jest w pierwszej kolejności od przeznaczenia otrzymanych środków przez beneficjenta. Jeżeli finansują one przedsięwzięcia o charakterze inwestycyjnym (m.in. nabycie lub wytworzenie środków trwałych), to w przypadku otrzymania dofinansowania będącego zwrotem wydatków poniesionych na nabycie środków trwałych, odpisy amortyzacyjne od wartości środka trwałego w części objętej dofinansowaniem nie będą stanowiły kosztu uzyskania przychodów (art. 16 ust. 1 pkt 48 updop). Jednocześnie sam otrzymany zwrot wydatków (środki pomocowe) nie będzie stanowił przychodu podatkowego (art. 12 ust. 4 pkt 6a updop), w konsekwencji środki pomocowe nie będą podlegały opodatkowaniu, tym samym stosowanie zwolnień podatkowych wskazanych w upodp nie będzie konieczne.
