Zatem w księgach rachunkowych opłaty za korzystanie ze środowiska ujmuje się w ciężar kosztów działalności operacyjnej jednostki. W zależności od przyjętego rachunku kosztów tej działalności, księguje się je zapisem:

• Wn Podatki i opłaty lub konto zespołu 5,
• Ma Rozrachunki publicznoprawne – Urząd marszałkowski

Wpłata opłaty (wraz z ewentualnymi należnymi odsetkami) na konto właściwego urzędu marszałkowskiego księgowana jest zapisem:

• Wn Rozrachunki publicznoprawne -Urząd marszałkowski
• Ma Rachunek bieżący

Zwrócić tu należy uwagę, iż opłata za II połowę 2012 roku będzie wnoszona i w praktyce obliczana już w 2013 r., zatem należy zastanowić się, do którego okresu sprawozdawczego ją przypisać.

Zgodnie z zasada współmierności przychodów i kosztów powinna ta opłata obciążać 2012 rok, ponieważ w tym okresie następowało korzystanie ze środowiska. Można, zatem przed sprowadzeniem sprawozdania finansowego oszacować wartość opłaty i ująć ja, jako bierne rozliczenie międzyokresowe kosztów.

W większości jednak sytuacji opłaty za korzystanie ze środowiska nie stanowią znaczących i istotnych z punktu widzenia podmiotu sum, zatem nie będzie popełniony istotny błąd, jeśli zarachowanie opłaty za II półrocze 2012 roku obciąży koszty 2013.
W przypadku nieterminowego uiszczenia opłaty, podmiot korzystający ze środowiska zobowiązany jest do naliczenia odsetek za zwłokę. Powinny one zostać zaliczone do kosztów finansowych, zapisem:

• Wn Koszty finansowe
• Ma Rozrachunki publicznoprawne -Urząd marszałkowski

Jeśli wnoszone opłaty miałyby charakter sankcji czy kary – należy zaksięgować je w pozostałe koszty operacyjne. Wynika to z art. 3 ust. 1 pkt 32 lit. g) ustawy o rachunkowości. Opłaty o charakterze sankcyjnym będą w sytuacji gdyby podmiot przekroczył normy wynikające z przepisów w zakresie ochrony środowiska. Ewidencja sankcyjnej opłaty za nieprzestrzeganie przepisów w zakresie ochrony środowiska wygląda następująco:

• Wn Pozostałe koszty operacyjne
• Ma Rozrachunki publicznoprawne – Urząd marszałkowski

Następnie zapłata

• Wn Rozrachunki publicznoprawne – Urząd marszałkowski
• Ma Rachunek bieżący