W tym miejscu warto zauważyć, iż zgodnie z poglądami wyrażanymi przez doktrynę prawniczą, jak również utrwalonymi w orzecznictwie sądowo-administracyjnym (m.in. wyrok WSA w Lublinie z dnia 24 sierpnia 2004 r., sygn. akt I SA/Łd 1801/2003, wyrok WSA w Gdańsku z dnia 11 lipca 2006 r., sygn. akt I SA/Gd 470/2005) Ordynacja podatkowa wyraźnie określa dopuszczalne metody oszacowania dochodu podatnika. Założeniem określenia przez ustawodawcę sposobów szacowania jest wykluczenie szacowania opartego na metodach losowych (wyrok NSA z 11 maja 1997 r., III SA 1502).
W myśl art. 23 § 3 Ordynacji podatkowej istnieje sześć sposobów szacowania podstawy opodatkowania przez organy podatkowe. Pierwsza ze wspomnianych metod określana jest mianem metody porównawczej wewnętrznej. Polega ona na porównaniu wysokości obrotów w tym samym przedsiębiorstwie za poprzednie okresy, w których znana jest wysokość obrotu. Przeciwieństwem tego sposobu szacowania jest metoda porównawcza zewnętrzna, zgodnie z którą porównaniu podlega wysokości obrotów w innych przedsiębiorstwach prowadzących działalność o podobnym zakresie i w podobnych warunkach. Trzecim sposobem jest ustalenie podstawy opodatkowania poprzez porównanie wartości majątku przedsiębiorstwa na początku i na końcu okresu, z uwzględnieniem wskaźnika szybkości obrotu (metoda remanentowa). Natomiast przy zastosowaniu metody produkcyjnej organy podatkowe biorą pod uwagę zdolności produkcyjnej przedsiębiorstwa. Z kolei metoda kosztowa polega na ustaleniu wysokości obrotu na podstawie wysokości kosztów poniesionych przez przedsiębiorstwo, z uwzględnieniem wskaźnika udziałów tych kosztów w obrocie. Ostatnim, szóstym sposobem szacowania podstawy opodatkowania jest metoda określana mianem „udziału dochodu w obrocie”. Metoda ta ma za przedmiot ustalenie wysokości dochodów ze sprzedaży określonych towarów i wykonywania określonych usług, z uwzględnieniem wysokości udziału tej sprzedaży (wykonanych usług) w całym obrocie.
Ustawodawca przewidział również wyjątek od konieczności stosowania omówionych powyżej metod szacowania podstawy opodatkowania. Albowiem w myśl art. 23 § 4 Ordynacji podatkowej, w szczególnie uzasadnionych przypadkach, gdy nie można zastosować metod, o których mowa w art. 23 § 3, organ podatkowy może w inny sposób oszacować podstawę opodatkowania. Niestety prawo do odstąpienia od metod określonych w Ordynacji podatkowej jest nagminnie nadużywane przez fiskusa.
Co niezwykle istotne, prawodawca nie stworzył hierarchii metod szacowania ani również nie wskazał sposobów ich stosowania. Ponadto przepisy nie określają warunków porównywalności poszczególnych szacunków. Regulację tę należy ocenić negatywnie, w szczególności w porównaniu do metod określania dochodów w transakcjach pomiędzy podmiotami powiązanymi. Brak ścisłych reguł szacowania stawia tym samym podatnika w bardzo niekorzystnej sytuacji, bowiem bardzo często jest on zdany na samowolę organów podatkowych.
Trzeba jednak zaznaczyć, iż zastosowanie określonej metody szacowania powinno zostać szczegółowo uzasadnione przez organy podatkowe. Uzasadnienie powinno również obejmować wyjaśnienie przesłanek dla których odstąpiono od określania podstawy opodatkowania za pomocą innych metod. Niezgodne z przepisami prawa jest również szacowanie podstawy opodatkowania na mocy art. 24 § 4 Ordynacji podatkowej w sytuacji, gdy istniały możliwości zastosowania metod wymienionych w art. 23 § 3 cytowanej ustawy. Tym samym należy zauważyć, iż uzasadnienie jest jedynym punktem odniesienia dla weryfikacji dokonanego szacunku.
