W praktyce jednak występuje szereg sytuacji, gdy są rozbieżności między zasadami rachunkowości a regulacjami podatkowymi. Jedna z takich rozbieżności dotyczyła kwestii zaliczenia niezamortyzowanej części zlikwidowanego środka trwałego do kosztów.

Prawo bilansowe nakazuje odzwierciedlić w księgach rachunkowych każde zdarzenie, które miało miejsce w okresie sprawozdawczym ( art. 20 ustawy o rachunkowości). Nie ma przy tym znaczenia fakt, jak to zdarzenie jest rozpoznawane w innych obszarach – liczy się rzeczywisty przebieg operacji gospodarczej.

A zatem, jeśli środek trwały nie w pełni zamortyzowany został zlikwidowany, to wartość tego środka trwałego, która uprzednio nie została zaliczona poprzez odpisy amortyzacyjne do kosztów działalności jednostki, w chwili likwidacji ( albo w chwili postawienia składnika w stan likwidacji, zależnie od okoliczności) powinna być zaliczona do pozostałych kosztów operacyjnych ( art. 3 ust 1 pkt 32 ustawy o rachunkowości). Prawo bilansowe nie wymaga tu żadnych dodatkowych warunków, np. nie uzależnia od fizycznej likwidacji możliwości zarachowania kosztów. Wystarczy decyzja kierownika jednostki, lub osób przez niego upoważnionych aby na podstawie dokumentów zarachować w pozostałe koszty operacyjne niezamortyzowaną część środka trwałego.  Nie ma negatywnego znaczenia również na przykład fakt ze likwidacja dotyczy ulepszenia w obcym środku trwałym, które zostało po zakończeniu umowy najmu lub dzierżawy przekazane właścicielowi środka trwałego.

Zatem zapisy księgowe  na kontach syntetycznych w tym wypadku będą następujące:
Wn Pozostałe koszty operacyjne
Wn Umorzenie środków trwałych
Ma Środki trwałe

Nieco inaczej jest na gruncie przepisów prawa podatkowego. W wielu interpretacjach indywidualnych podkreślana była przez Dyrektorów Izb Skarbowych konieczność fizycznego zlikwidowania środka trwałego. Ale o tym w kolejnej części opracowania