W orzeczeniu z dnia 31 marca 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku (sygn. akt I SA/Bk 26/09) wskazał, iż art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT jest sprzeczny z prawem wspólnotowym, gdyż ogranicza zasadę neutralności podatku VAT dla przedsiębiorców nabywających towary i usługi w związku z wykonywaniem czynności opodatkowanych podatkiem VAT.
W tym miejscu należy zaznaczyć, iż stosownie do treści art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z tego tytułu, iż sprzedaż udokumentowano fakturą lub fakturą korygującą, w których kwota podatku wykazana na oryginale faktury lub faktury korygującej jest różna od kwoty wykazanej na kopii. Tym samym odliczenie podatku naliczenie na gruncie polskich przepisów uzależnione jest od przesłanki formalno-prawnej, którą jest niewątpliwie zgodność kwot podatku VAT wykazanego w oryginale oraz kopii faktury. Powyższe sprawia, iż odliczenie VAT jest niemożliwe nawet w sytuacji, gdy nabywca padł ofiarą oszustwa sprzedawcy, który w sposób nierzetelny wystawił faktury VAT. Co więcej nabywca nie ma w tej sytuacji możliwości weryfikacji zgodności kwot podatku VAT wykazanego w oryginale oraz kopii faktury VAT. Trzeba bowiem zaznaczyć, iż aktualnie obowiązujące przepisy nie wymagają od sprzedawcy ani nabywcy podpisywania faktur, co w pewnym stopniu mogłoby gwarantować zgodność kopii oraz oryginału faktur.
W cytowanym orzeczeniu sąd administracyjny odwołał się do orzeczenia ETS z dnia 14 czerwca 2002 roku w sprawie C-40/00 pomiędzy Republiką Francuską a Komisją Europejską, w którym Trybunał stwierdził, iż o ile państwa członkowskie mają pełną swobodę w zmienianiu swoich przepisów, aby były bardziej zgodne z wynikającą z dyrektyw zasadą neutralności podatku od towarów i usług dla podatników, to po dacie wejścia w życie VI Dyrektywy nie ma możliwości ograniczenia zakresu prawa do odliczenia. Zgodnie bowiem z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy prawo do odliczenia podatku nie może ulec ograniczeniu po wejściu w życie VI Dyrektywy (z wyjątkiem środków nadzwyczajnych o jakich mowa w art. 27 VI Dyrektywy). Natomiast zaskarżone przepisy ustawy o VAT, ograniczające możliwość odliczenia podatku naliczonego, zostały wprowadzone w sprzeczności ze wspomnianą regułą.
Dodatkowo WSA w Białymstoku wskazał, iż art. 88 ust. 3a pkt. 1 lit.a ustawy o VAT narusza zasadę proporcjonalności, wyrażoną w art. 5 Traktatu Ustanawiającego Wspólnoty Europejskie (TWE). Zasada proporcjonalności wprowadza standardy, zgodnie z którymi określone środki służące do realizacji określonego celu nie mogą być nadmierne i wykraczać poza to, co konieczne w tym względzie. Adekwatność ich zastosowania ocenia się z uwzględnieniem ich skutków ubocznych.
W opinii sądu nieadekwatne, w kontekście zasady proporcjonalności, jest zastosowanie sankcji w stosunku do podatnika, tylko z uwagi na to, że jako podstawę do obniżenia podatku należnego przyjął fakturę, w której kwota podatku wykazana na oryginale faktury jest różna od kwoty wykazanej na kopii. Podkreślenia wymaga również to, że ustawa nakłada sankcję bez uprzedniego wykazania, że podatnik taki miał jakąkolwiek wiedzę, o tym że kwota podatku wykazana na oryginale faktury jest różna od kwoty wykazanej na kopii. Dodatkowo WSA w Białymstoku podmiotem w stosunku, do którego winny być skierowane zdecydowane działania o charakterze sankcyjnym winien być niewątpliwie wystawca takich faktur, który wprowadzając do obiegu takie dokumenty podejmuje w istocie rzeczy działalność o charakterze patologicznym.
