Kwestia możliwości rozliczenia strat podatkowych zagranicznych oddziałów położonych w państwach członkowskich Unii Europejskiej jest coraz częściej podnoszona przez podatników. Organy podatkowe jednoznacznie odrzucają taką możliwość powołując się na przepisy krajowe, zgodnie z którymi zwolniony jest w Polsce dochód osiągnięty za granicą, jeżeli tak wynika z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania. Organy podatkowe argumentują, że skoro dochód ten jest zwolniony, to podatnik w swoich rozliczeniach podatkowych nie może uwzględniać wyniku zagranicznego oddziału.

Z powyższą tezą nie zgodził się WSA w Gliwicach. Przedmiotem orzeczenia była interpretacja przepisów prawa podatkowego, zgodnie z którą podatnik posiadający w Czechach oddział przeznaczony do likwidacji, który to oddział posiada straty z lat ubiegłych, nie jest uprawniony do rozliczenia tych strat Polsce. W swoich wyroku sąd przyznał rację podatnikowi, spółce będącej polskim rezydentem podatkowym. Sąd uznał, że zakaz rozliczenia takiej straty w Polsce stanowi naruszenie swobody przedsiębiorczości wyrażonej w Traktacie o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej w sytuacji, w której (tak jak w stanie faktycznym w tej sprawie) definitywnie i ostatecznie nie istnieje możliwość rozliczenia tej straty w Czechach, ze względu na likwidację zakładu.

Powyższe korzystne orzeczenie dla podatników nie jest pierwszym o tej tematyce. Chociaż praktyka sądów jest jeszcze zmienna, problem niezgodności polskiego prawa podatkowego z prawem wspólnotowym w tym zakresie jest dostrzegany przez sądy administracyjne.

Ponadto WSA w Gliwicach poruszył jeszcze jeden ciekawy wątek związany z zasadami dokonywania interpretacji przepisów prawa podatkowego przez organy podatkowe. Głównym argumentem użytym przez organ wydający interpretację było stwierdzenie, że nie jest on uprawniony do orzekania o zgodności polskiego prawa z prawem wspólnotowym, oraz że winien on orzekać na podstawie przepisów prawa, co, w ocenie organu, obejmuje jedynie ustawy oraz akty wykonawcze. Tym samym nie mógł wydać innej interpretacji, gdyż nie jest w ramach jego kompetencji orzekanie o bezpośrednim stosowaniu normy wspólnotowej w miejsce niezgodnej z nią normy wynikającej z polskiej ustawy.

WSA w Gliwicach poddał krytyce ten pogląd. Stwierdził, że zgodnie z Konstytucją RP organy administracji publicznej działają na podstawie i w granicach prawa. Jednocześnie, Konstytucja RP wskazuje, że źródłami prawa są także ratyfikowane umowy międzynarodowe, które, w określonych warunkach, stosowane są przed ustawą. Tym samym organy administracji publicznej, w tym organy podatkowe, są zobligowane do stosowania przepisów prawa wspólnotowego i poszanowania porządku prawnego z nich wynikającego także w przypadku wydawania interpretacji prawa podatkowego.