Wielu przedsiębiorców decyduje się na rozwiązanie alternatywne w stosunku do wypłaty diet i bezpośrednio finansuje koszty całodziennego wyżywienia podróżujących pracowników. W takim przypadku pracownik nie otrzymuje diety bądź otrzymuje dietę w odpowiednio zmniejszonej wysokości, a wydatki na wyżywienie rozliczane są na podstawie faktur i rachunków. Zazwyczaj kwota poniesionych wydatków jest wyższa od diety przysługującej pracownikowi na podstawie przepisów rozporządzeń MPiPS. Powstaje pytanie czy od tak powstałej nadwyżki pracodawca jest zobowiązany do naliczenia pracownikowi dodatkowego przychodu do opodatkowania. W szczególności, istotna jest możliwość zastosowania w takim przypadku zwolnienia z opodatkowania, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 16 lit. a) ustawy o PIT. Zwolnienie to odnosi się do diet i należności za czas podróży służbowej pracownika i jest limitowane do wysokości diet i należności określonych w odrębnych ustawach lub w przepisach wydanych przez Ministra Pracy i Polityki Społecznej, tj. w powołanych wyżej rozporządzeniach MPiPS.
Treść rozporządzeń MPiPS nie przewiduje żadnego limitu kwotowego dla kosztów posiłku, w tym nie ogranicza ich do wysokości diet należnych pracownikowi, gdy pracodawca nie zapewnia im całodziennego wyżywienia. Powyższe przepisy nie regulują również zasad dotyczących ponoszenia kosztów wyżywienia przez pracodawcę. Uzasadnionym wydaje się więc przyjęcie, iż zapewnienie pracownikowi całodziennego wyżywienia może przybrać nie tylko formę bezpośredniego pokrycia kosztów wyżywienia przez pracodawcę, lecz może również polegać na zwrocie wydatków poniesionych przez pracownika na podstawie przedstawionych przez niego faktur, wystawionych na pracodawcę. W konsekwencji, zwolnienie z opodatkowania dla diet i należności za czas podróży służbowej pracownika powinno mieć zastosowanie również wtedy, gdy pracodawca zwraca pracownikowi wydatki na wyżywienie na podstawie faktur, niezależnie od tego czy kwota zwrotu przekracza limit diet.
Powyższe stanowisko potwierdzają niektóre interpretacje wydawane przez organy podatkowe. Przykładowo, w interpretacji z dnia 27 sierpnia 2010 r., sygn. ITPB2/415-528/10/IL, Dyrektor Izby w Bydgoszczy stwierdził, iż „w sytuacji kiedy spółka będzie sama finansować bezpośrednio koszty całodziennego wyżywienia pracowników (przewyższające wysokość maksymalnej diety określonej przepisami wykonawczymi), a pracownikom przebywającym w podróży służbowej nie będą wypłacane diety oraz nie będzie dokonany zwrot wydatków w tym zakresie – wartość finansowanych przez pracodawcę kosztów wyżywienia udokumentowanych fakturą lub rachunkiem nie stanowi dla pracowników przychodu podlegającego opodatkowaniu”. Podobne stanowisko zostało wyrażone również w pismach innych organów wydających pisemne interpretacje prawa podatkowego (np. interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 9 września 2009 r., sygn. IPPB2/415-454/09-4/AS oraz interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z dnia 27 września 2011 r., sygn. IPTPB2/415-325/11-3/MP). Na podstawie powyższych pism pracodawcy mogli założyć, iż świadczenia związane z wyżywieniem będą podlegać opodatkowaniu jeżeli pracownik otrzymuje dietę powyżej limitu określonego w rozporządzeniach MPiPS bądź oprócz diety będą mu zwracane faktycznie poniesione koszty jedzenia. Jednocześnie, jeżeli jednak pracodawca nie wypłaca diet, tylko zwraca odpowiednio udokumentowane koszty wyżywienia, wówczas nie będzie zobowiązany do potrącenia zaliczki na podatek.
Niemniej, zgodnie z aktualnie dominującym podejściem organów podatkowych, w przypadku kosztów wyżywienia zwracanych pracownikowi, każda nadwyżka ponad kwotę diety stanowi dla pracownika przychód podlegający opodatkowaniu, nie korzystający ze zwolnienia o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 16 lit. a) ustawy o PIT. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji przepisów prawa podatkowego z dnia 3 sierpnia 2011 r., sygn. IPPB4/415-386/11-2/MP, stwierdził, iż „ustawodawca ograniczył wysokość zwolnienia od podatku wyłącznie do diet i innych należności za czas podróży służbowej pracownika, określonych w przepisach ustaw bądź ww. rozporządzeniu. W przypadku kosztów wyżywienia będzie to kwota w wysokości 23 zł za dobę podróży służbowej. Natomiast w odniesieniu do innych nie limitinowanych i mających związek z podróżą służbową wydatków, określonych przez pracodawcę odpowiednio do uzasadnionych potrzeb, zwolnieniu będzie podlegać kwota wynikająca z prawidłowo udokumentowanych rachunków potwierdzających poszczególne wydatki. (…) Zatem zwrot zwiększonych kosztów wyżywienia, przyznawany co do zasady w formie diety, korzysta ze zwolnienia przedmiotowego wyłącznie do wysokości ustalonej w rozporządzeniach Ministra Pracy i Polityki Społecznej. W związku z powyższym zwrot wydatków poniesionych przez pracownika na wyżywienie korzysta ze zwolnienia przedmiotowego do wysokości określonej w ww. rozporządzeniach. Ewentualna nadwyżka podlega opodatkowaniu jako przychód ze stosunku pracy”. Powyższe stanowisko zostało zaprezentowane również w późniejszych pismach organów podatkowych (m.in. w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 17 kwietnia 2012 r., sygn. IPPB4/415-95/12-2/MP oraz w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 30 marca 2012 r., sygn. IBPBII/1/415-1079/11/ASz).
Co istotne, stanowisko organu podatkowego zaprezentowane w interpretacji z dnia 3 sierpnia 2011 r. zostało potwierdzone w wyroku WSA w Warszawie z dnia 3 września 2012 r., sygn. III SA/Wa 3423/11. W orzeczeniu tym WSA w Warszawie jednoznacznie stwierdził, iż „Nie ulega wątpliwości, iż wszelakie nadwyżki zwrócone pracownikom ponad wartości diet oraz wartości limitów oraz ryczałtów wypłacane pracownikom – niemające podstawy w rozporządzeniach w sprawie podróży służbowych będą stanowiły przychód pracownika, o którym mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f., tj. ze stosunku pracy”. Można zatem założyć, iż do czasu wydania odmiennego rozstrzygnięcia przez sądy administracyjne, organy podatkowe konsekwentnie będą ograniczały możliwość stosowania zwolnienia z opodatkowania dla świadczeń dotyczących wyżywienia pracowników w trakcie podróży służbowej przekraczających limity diet przysługujących pracownikowi na podstawie rozporządzeń MPiPS.