Ordynacja podatkowa w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r. dopuszczalne jest w każdym czasie prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji Podatkowej).”

NSA stwierdził, iż w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku VAT, które to zobowiązanie wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej).

Zgodnie z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Na mocy art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zapłaty podatku. Co do zasady, problem rozstrzygany przez siedmiu sędziów wynika z faktu, iż przedawnienie i zapłata zobowiązania podatkowego stanowią konkurencyjne formy wygaśnięcia zobowiązania podatkowego. To z kolei daje organom podatkowym podstawę do stwierdzenia, że w zakresie w jakim zobowiązanie podatkowe wygasło już przez zapłatę, mogą one wydać decyzję określającą nawet po upływie okresu przedawnienia, gdyż zobowiązanie wygasłe przez zapłatę nie może już ulec przedawnieniu.

Natomiast, zgodnie z art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej, gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie, czy przed zapłatą podatku.

W orzecznictwie sądowym ugruntowany był pogląd, iż w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku VAT wygasło wskutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego. (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 czerwca 2010 r., sygn. akt I FPS 5/09).

Po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z 21 grudnia 2011 r. (sygn. akt I GSK 749/10 i I GSK 750/10) stwierdził, że „przepis art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie, czy przed zapłatą podatku. Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy, co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdyż skutkuje bezprzedmiotowością postępowania.”

Stanowisko to znalazło swoje odzwierciedlenie również w omawianej uchwale z 3 grudnia 2012 r. Upływ terminu przedawnienia, w ocenie NSA, stanowi ujemną przesłankę procesową orzekania w sprawie wysokości zobowiązania podatkowego. NSA podkreślił znaczenie instytucji przedawnienia w państwie prawnym i stanowi ono jedną z form wygasania zobowiązaniowych stosunków prawnych. Po upływie terminu przedawnienia wierzyciel nie może skutecznie domagać się od dłużnika zachowania wynikającego z treści zobowiązania zawiązanego pomiędzy dłużnikiem a wierzycielem podatkowym. Generalnie można przyjąć, że celem tej instytucji jest zachowanie pewności obrotu prawnego. Co również podkreślił NSA, konkluzje zawarte w uchwale znajdują zastosowanie w sprawach związanych z określeniem zobowiązania w podatku dochodowym, towarów i usług oraz podatku akcyzowym.

Przedawnienie pełni funkcję gwarancyjną oraz stabilizuje sytuację prawną podatnika, nabywa on pewność że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie.  Organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły żadnych działań prawnych, są  pozbawione możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Organ podatkowy nie może bowiem czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. W konsekwencji po obu stronach nieistniejącego już zobowiązania podatkowego istnieje stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień.

Niezależnie od powyższego należy podkreślić, iż niemożność przeprowadzenia postępowania podatkowego (wymiarowego) nie czyni bezzasadnym żądania podatnika w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty. W konsekwencji w przypadku wniosku o stwierdzenie nadpłaty złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe. Co do zasady chodzi tu jednak o uprawnienie organu podatkowego do wydania decyzji w z zakresie stwierdzenia, bądź odmowy stwierdzenia nadpłaty, nie zaś o uprawnienie do wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.