W pierwszej kolejności należy zwrócić uwagę na fakt, że istota faktur VAT RR, czyli faktur wystawianych dla rolników ryczałtowych opiera się na założeniu, że to nabywca – w imieniu dostawcy wystawia fakturę sprzedażową. Co więcej, z przepisów w zakresie VAT wynika, że prawo do wystawienia faktury przysługuje wyłącznie nabywcy.

Także warunki zwiększenia podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku są odmienne niż w „tradycyjnych” rozliczeniach z tytułu VAT – nabywca nabywa to prawo, jeśli w określony sposób i w określonym czasie dokonana zapłaty należności (wraz z zryczałtowanym podatkiem) wykazanej w wystawionej przez siebie fakturze. Odmienność dotyczy także stawki podatkowej – gdyby dostawcą tych towarów był inny podatnik, nie posiadający statusu rolnika ryczałtowego, stawka na te same towary wynosiłby 5 % a nie 7 %.

W większości spory, jakie toczą się przed organami podatkowymi, dotyczą kwestii spełnienia warunków uprawniających do zwiększenia kwoty podatku naliczonego z faktur VAT RR, a w szczególności w zakresie danych, jakie powinny być wskazywane na przelewie, dokumentującym dokonanie płatności należności na rzecz rolnika ryczałtowego. Tu trzeba zauważyć, że mając na uwadze orzecznictwo sądów administracyjnych kwestia ta wydaje się być przesądzona. Wystarczy wskazać wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 9 kwietnia 2009 r., sygn. akt I FSK 281/08 z 7 lipca 2009 r., sygn. akt I FSK 514/08, z 5 czerwca 2009 r., sygn. I FSK 474/08 oraz Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z 30 stycznia 2009 r., sygn. akt I SA/Łd 905/08, w których stwierdzono, że jeśli w danym stanie faktycznym można przyporządkować każdy dokonany przelew na rzecz rolnika ryczałtowego do konkretnej transakcji zakupu, to brak spełnienia wymogu wskazania w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty podania daty wystawienia faktury potwierdzającej nabycie produktów rolnych, należy uznać za nadmierny formalizm ustawodawcy.

Spór, który zakończył się ostatnio przed sądem dotyczył natomiast prawa do zwiększenia podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku w sytuacji, gdy wystawiona przez nabywcę produktów rolnych faktura VAT RR nie zawierała danych nabywcy. Organ podatkowy uznał, że podatnik w takiej sytuacji nie miał prawa do zwiększenia kwoty podatku naliczonego o kwoty zryczałtowanego zwrotu podatku wykazane w fakturach VAT RR. Podnosił, że faktury VAT, by dawały prawo do odliczenia muszą być poprawne z formalnego punktu widzenia, a więc wystawione zgodnie z obowiązującymi przepisami w tym zakresie.

Nie przekonały organu argumenty, że faktury te, poza wskazaną nieprawidłowością, były natomiast prawidłowo oznaczone – zawierały nazwę faktura VAT RR, numer i datę wystawienia, a także m.in. dane dostawcy, nazwę towaru, ilość, cenę jednostkową, wartość zryczałtowanego zwrotu podatku. Jednocześnie z innych dokumentów wynikało, że nabywcą towarów wskazanych na fakturach był rzeczywiście ten podmiot. Co więcej, inne dokumenty wskazywały, kto rzeczywiście był nabywcą towarów. Do każdej zakwestionowanej faktury VAT RR w sposób trwały dołączone były bowiem oświadczenia o pobraniu od dostawcy płodów rolnych kwoty  0,01% wartości faktury na fundusz promocji produktów rolno – spożywczych. Także na poleceniach przelewów bankowych wskazane były numery zakwestionowanych faktur, wobec czego organ podatkowy nie miał problemów z identyfikacją faktur.

Jednak mimo zapłaty kwot wykazanych na fakturach za pośrednictwem banku i istnienia związku dokonanych zakupów z czynnościami opodatkowanymi, organ odmówił podatnikowi prawa do zwiększenia kwoty podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku. Stanowisko to zostało podtrzymane przez organ odwoławczy, którego nie przekonały podniesione przez podatnika argumenty, że działanie takie narusza zasadę neutralności VAT jak również zasadę proporcjonalności prawa wspólnotowego.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, który sprawę rozpatrywał, podzielił stanowisko podatnika, że warunki jakie podatnik musi spełnić, by móc dokonać odliczenia zryczałtowanego zwrotu podatku zostały wskazane w art. 116 ust. 6 ustawy o VAT (wyrok z 23 maja 2011 r., sygn. akt III SA/Wa 2482/10). Warunki te są jedynymi do spełnienia by móc skorzystać z tego uprawnienia. Jednym z nich jest związek ze sprzedażą opodatkowana, drugim – dokonanie zapłaty za zakupione produkty rolne. W sprawie będącej przedmiotem sporu, warunki te zostały spełnione, wobec czego pozbawienie podatnika prawa do odliczenia z tego tylko powodu, że faktury RR nie zawierały danych nabywcy – zdaniem Sądu – było nieuprawnione i stanowiło o rozszerzeniu wymogów określonych w art. 116 ust. 6 ustawy o VAT. Sąd przyznał także rację podatnikowi, że pozbawienia prawa do odliczenia w okolicznościach danej sprawy narusza zasadę proporcjonalności prawa wspólnotowego, gdyż jest niewspółmierne do uchybienia, jakiego dopuściła się Spółka.