W art. 7 ust. 1 ustawy zmieniającej ustawę o PIT wprowadzona została również zasada, z której wynika, że do przychodów z odpłatnego zbycia nieruchomości określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o PIT nabytych do dnia 31 grudnia 2006 r., stosuje się przepisy określone w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych, w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 stycznia 2007 r. Przepis ten pozwolił więc na zachowanie zasad określonych w art. 28 ust. 2 ustawy o PIT, w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2006 r., zgodnie z którymi podatek od przychodu z odpłatnego zbycia nieruchomości określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o PIT, ustalało się w formie ryczałtu w wysokości 10% uzyskanego przychodu. Zachowana została również zasada z której wynikało, iż podatek z ww. tytułu płatny jest bez wezwania w terminie 14 dni od dnia dokonania odpłatnego zbycia na rachunek urzędu skarbowego, którym kieruje naczelnik urzędu skarbowego właściwy według miejsca zamieszkania podatnika.
Wprowadzenie przez ustawodawcę przepisu art. 7 ust. 1 ustawy zmieniającej ustawę o PIT pozwoliło ponadto podatnikom zachować prawo określone na mocy art. 28 ust. 2a ustawy o PIT. Z przepisu tego wynikało, że złożenie przez podatnika, który sprzedał nieruchomość oświadczenia w terminie 14 dni od dnia dokonania odpłatnego zbycia, o tym iż przychód uzyskany ze sprzedaży przeznaczy w terminie 2 lat na cele określone w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a) lub lit. e) ustawy, pozwoli na zwolnienie przychodu uzyskanego ze sprzedaży nieruchomości od podatku dochodowego z mocy prawa.
Zaznaczyć należy, że w przeciwnym razie podatnik powinien zapłacić podatek najpóźniej następnego dnia po upływie dwóch lat licząc od dnia sprzedaży wraz z odsetkami naliczanymi od terminu płatności określonego w ust. 2 art. 28 ustawy o PIT.
Jak to już zostało podniesione na wstępie przedstawione powyżej zasady opodatkowania sprzedaży nieruchomości obowiązywały do końca 2006 roku. W praktyce natomiast dochodziło wielokrotnie do sprzedaży nieruchomości pod koniec 2006 roku. Powstaje zatem pytanie czy przychód ze sprzedaży nieruchomości, dokonanej pod koniec 2006 roku z uwagi na upływ pięcioletniego terminu na przedawnienie zobowiązań, można uznać z podatkowego punktu widzenia za przedawniony?
Zobowiązanie podatkowe w podatku PIT powstaje z mocy prawa tj. w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60, ze zm., „Ordynacja podatkowa”). Oznacza to, że również do podatku PIT ma zastosowanie art. 70 § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa stanowiący, iż zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.
W oparciu o przepisy Ordynacji podatkowej oraz powołane przepisy ustawy o PIT, czy też ustawy zmieniającej ustawę o PIT należy uznać zatem, że dla stwierdzenia, czy nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego w podatku PIT od przychodów uzyskanych z odpłatnego zbycia nieruchomości, istotne znaczenie ma ustalenie, kiedy następuje termin płatności tego podatku. Ten termin to 14 dni od dnia dokonania odpłatnego zbycia nieruchomości.
Z powyższego wynika więc, że zobowiązanie podatkowe z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości nabytych do końca 2006 r., przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął czternastodniowy termin płatności podatku. Oznacza to, że przychód uzyskany ze sprzedaży nieruchomości 31 grudnia 2006 r. przedawni się z upływem 2012 roku, albowiem termin zapłaty tego podatku przypadał w 2007 r.
Uznać zatem należy, że termin przedawnienia zobowiązania w podatku PIT z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości liczony jest od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (14 dni od dokonania odpłatnego zbycia) i, co jest niezmiernie istotne, jest niezależny od złożenia oświadczenia o przeznaczeniu uzyskanego przychodu na cele warunkujące zwolnienie podatkowe.
Zaznaczyć należy, że przedstawione stanowisko znajduje potwierdzenie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (wyrok z dnia 28 czerwca 2011 r. w sprawie sygn. akt II FSK 311/10) oraz interpretacji ogólnej Ministra Finansów wydanej 27 grudnia 2011 r., za nr DD9/033/ 297/BRT/SKT/2011/DD-466.