Istotą sporu była wykładnia § 6 ust. 2 pkt 2 lit. b) ww. Rozporządzenia określającego, że umowa zawarta pomiędzy dokonującym dostawy towarów lub świadczącym usługi, upoważniająca do wystawiania faktur w imieniu i na rachunek dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy, powinna zawierać postanowienia, iż podatnik dokonujący nabycia towarów lub usług „będzie przedstawiał drugiej stronie umowy oryginał i kopię faktury do jej akceptacji w formie podpisu, z tym, że termin przedstawienia do akceptacji oryginału faktury ma być tak określony w umowie, aby było możliwe dokonanie terminowego rozliczenia podatku przez dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi”.
Organy podatkowe w szczególności stwierdziły, że wymóg przedstawiania oryginału i kopii do podpisu oznacza, iż podpis ten musi znaleźć się na każdej z zatwierdzanych faktur by doszło do ich akceptacji. Zaś przedstawione przez podatnika stanowisko, że wystarczające jest złożenie podpisu na zbiorczym zestawieniu zaakceptowanych faktur wystawionych przez nabywcę za dany okres rozliczeniowy uznane zostało za nieprawidłowe.
Rozstrzygając sprawę Sąd podzielił pogląd zaprezentowany przez podatnika i stwierdził, że wymóg akceptacji przez dostawcę towarów każdej z faktur wystawionych przez ich nabywcę spełnia złożenie podpisu na zbiorczym zestawieniu faktur za dany okres rozliczeniowy, w terminie umożliwiającym dokonanie terminowego rozliczenia podatku z tych faktur przez dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi.
Zdaniem Sądu tylko taka wykładnia § 6 ust. 2 pkt 2 lit. b) Rozporządzenia Ministra Finansów z 28 listopada 2008 roku nie jest sprzeczna z brzmieniem art. 229 Dyrektywy Rady z dnia 28 listopada 2006 r. nr 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, który stanowi, że państwa członkowskie nie wymagają podpisywania faktur.
