Przepis ten stanowi, że jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach, o których mowa w ust. 10, 11, 12, 16 i 18, może on obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego.

Przepis powyższy budzi wiele wątpliwości z racji jego sankcyjnego charakteru oraz ograniczania swobodnego prawa do odliczenia podatku naliczonego przez podatników. W myśl bowiem przepisów Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (zwana dalej: Dyrektywą 112) podatnik ma prawo do odliczenia kwoty podatku wykazanego na fakturze lub dokumencie celnym albo w przypadku niektórych transakcji kwoty podatku należnego, jeżeli nabycie towaru lub usługi związane jest z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu VAT. Oznacza to, iż prawo do odliczenia VAT dla podatnika powinno móc być realizowane w każdym czasie, o ile takie obniżenie jest przewidziane przepisami prawa.

Tymczasem przepis art. 86 ust. 13 ustawy o VAT wprowadza ograniczenie czasowe takiego odliczenia do okresu 5 lat wstecz, liczonych od początku roku, w którym prawo do odliczenia wystąpiło. Wprawdzie art. 180 Dyrektywy 112 upoważnia państwa członkowskie do zezwolenia podatnikom na dokonanie odliczenia, którego nie dokonali na zasadach i w terminach ogólnych, niemniej jednak czasowe ograniczenie prawa podatnika do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, nie powinno znajdować zastosowania w sytuacji, gdy to samo prawo krajowe – wbrew prawu wspólnotowemu – pozbawiało podatnika możliwości dokonania takiego rozliczenia w terminach i na zasadach ogólnych. Z takimi sytuacjami mamy do czynienia choćby w kwestii odliczania VAT od nabycia i leasingu samochodów „z kratką” i od nabycia paliwa do ich napędu (wyrok ETS C-414 w sprawie Magoora Sp. z o. o.) lub w sytuacji braku możliwości odliczenia VAT z tytułu importu usług w związku, z którymi zapłata należności bezpośrednio lub pośrednio jest przekazywana na rzecz podmiotu mającego siedzibę, zarząd lub miejsce zamieszkania w „raju podatkowym” (wyrok ETS C-395/09 w sprawie Oasis East Sp. z o. o.)

Na tle wspomnianego przepisu art. 86 ust. 13 ustawy o VAT zapadły dwa istotne orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych. W wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku  wyraźnie stwierdzono, że wykładania systemowa wewnętrzna przepisów ustawy o VAT wyklucza stosowanie przepisu art. 86 ust. 13 odnośnie sytuacji, w której inny przepis ustawy o VAT (art. 86 ust. 3) nie dawał podatnikowi możliwości obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Zdaniem sądu w takiej sytuacji ramy odliczenia wyznaczają wyłącznie przepisy art. 81 w powiązaniu z art. 70 Ordynacji podatkowej. A zatem jedynym czasowym ograniczeniem przy korekcie podatku naliczonego byłoby przedawnienie zobowiązania podatkowego wynikającego z deklaracji lub kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (w tej kwestii sąd bowiem stanął na stanowisku, iż podlega ona analogicznie reżimowi powyższego art. 70). Nie jest bowiem pozbawione logiki – zdaniem WSA w Białymstoku – rozumowanie według którego, jeżeli przedawnia się zobowiązanie główne (podstawowe), to przedawniają się również związane z nim lub towarzyszące mu inne prawa lub obowiązki, na zasadzie prostego wnioskowania a maiori ad minus.

Analogicznie wypowiedział się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie , stwierdzając, że hipoteza przepisu art. 86 ust. 13 ustawy o VAT, dotyczy jedynie przypadków, kiedy podatnik, na podstawie przepisów prawa, miał obiektywnie prawo do odliczenia podatku należnego o podatek naliczony, tyle że w wyniku przeoczenia, braku znajomości prawa nie dokonał tego odliczenia. Sąd podkreślił, że z diametralnie inną sytuacją mamy do czynienia, kiedy przepis prawa materialnego zakazywał odliczenia podatku naliczonego, a następnie przepis ten okazał się niezgodny z prawem wspólnotowym, co potwierdził wyrokiem ETS.

Konkludując, należy zauważyć, iż w przypadku przepisu art. 86 ust. 13 ustawy o VAT mamy do czynienia z różną jego wykładnią uzależnioną od okoliczności faktycznych przyczyn korekty. W sytuacji, kiedy podatnik nie posiadał obiektywnie prawa do odliczenia i prawo do następnie powstało ze skutkiem ex tunc, wówczas ma pełne prawo do skorygowania podatku naliczonego in plus, uwzględniając procesowe normy prawne art. 70 i art. 80 (odnośnie zwrotu nadpłaty) Ordynacji podatkowej. W pozostałych przypadkach, na podstawie art. 180 Dyrektywy 112 (wcześniej art. 18 ust. 3 Szóstej Dyrektywy VAT), ustawodawca mógł wprowadzić dodatkowe warunki odnośnie skorzystania z prawa do odliczenia, jeżeli podatnik nie skorzystał z niego na podstawie przepisów ogólnych.