Zgodnie z § 3 ust. 3 rozporządzenia Ministra Finansów z 14 lipca 2005 r., faktury mogą być wystawiane i przesyłane w formie elektronicznej nie wcześniej niż od dnia następującego po dniu, w którym odbiorca faktury dokonał akceptacji. Takie sformułowanie przepisu oznacza, iż po dokonaniu akceptacji przez odbiorcę, wystawca faktur otrzymuje prawo do wystawiania faktur w formie elektronicznej, jednakże nie jest to jego obowiązek (brak zapisu w rozporządzeniu któryby taki obowiązek wprowadzał). Przepisy nie wykluczają w żadnym miejscu możliwości wystawiania zamiennie faktur na rzecz tego samego kontrahenta w wersji elektronicznej albo w wersji papierowej.
Forma elektroniczna jest wskazana jako obowiązkowa jedynie w odniesieniu do faktur korygujących i duplikatów do faktur wystawionych w formie elektronicznej. W takim wypadku dopuszczalne jest wystawienie faktur w formie papierowej jedynie w określonych sytuacjach tj. w przypadku gdy przeszkody formalne lub techniczne uniemożliwiają wystawienie i przesłanie dokumentu w formie elektronicznej.
Natomiast obowiązujące przepisy nie wskazują, iż rozpoczęcie wystawiania faktur w formie elektronicznej na rzecz danego kontrahenta wyklucza wystawianie faktur w formie papierowej w odniesieniu do innych transakcji z tym samym kontrahentem. W przypadku gdy podatnik posiada od swojego kontrahenta akceptację formy elektronicznej, od następnego dnia po otrzymaniu akceptacji dniu może on wystawiać faktury w formie elektronicznej.
Konsekwencja jeśli chodzi o zachowanie jednakowej formy dokumentowania (papierowej albo elektronicznej) dotyczy pojedynczej transakcji. Brak jest podstaw, by uznać, iż uzyskanie akceptacji dla faktur elektronicznych oznacza obowiązek dokumentowania fakturą elektroniczną każdej kolejnej transakcji z kontrahentem, który udzielił akceptacji.
Gdyby intencją ustawodawcy było wprowadzenie zakazu wystawiania faktur w formie papierowej w przypadku gdy odbiorca wyraził akceptację dla formy elektronicznej, odpowiedni zapis znalazłby się w obowiązujących przepisach. Przykładowo, w przypadku zasad dotyczących samofakturowania istnieje jednoznaczny zakaz wystawiania faktur (także w formie papierowej) jeśli sprzedawca wyraża zgodę na wystawianie faktur przez nabywcę.
[page_break]Brak jest interpretacji organów podatkowych, które w sposób jednoznaczny rozstrzygałyby omawianą kwestię. Spośród interpretacji wydanych przez organy podatkowe można przywołać postanowienie PP/443-2-1-GK/06 z 11.04.2006, gdzie w odpowiedzi na pytanie czy możliwe jest czasowe powrócenie do przesyłania faktur w formie papierowej (np. w związku z awarią systemu komputerowego) Naczelnik Opolskiego Urzędu Skarbowego udzielił odpowiedzi twierdzącej. Jednakże w uzasadnieniu organ podatkowy powołał się na § 5 ust. 1 rozporządzenia w sprawie faktur elektronicznych uznając możliwość stosowania tego przepisu w drodze analogii, co ograniczałoby możliwość powrotu do wystawienia faktur w formie papierowej tylko do sytuacji gdy wystąpią przeszkody techniczne lub formalne. Z kolei Naczelnik Urzędu Skarbowego Łódź- Śródmieście (sygn. III-2/443-84/07/EF) w interpretacji z 17 sierpnia 2007 r. na pytanie o możliwość powrotu na określony czas do przesyłania faktur w formie papierowej z uwagi na problemy techniczne odpowiedział twierdząco, jednakże możliwość taką uzależnił od powiadomienia przez odbiorcę o wycofaniu akceptacji do przesyłania i wystawiania faktur w formie elektronicznej (na podstawie §3 ust. 4 rozporządzenia), co nie znajduje uzasadnienia w przepisach.
Podsumowując, podatnik ma prawo do stosowania faktur w formie papierowej jeżeli w tym samym czasie wystawia faktury w formie elektronicznej. Jedyne ograniczenie dotyczy wystawiania faktur korygujących i duplikatów do faktur wystawionych w formie elektronicznej (wówczas fakturowanie w formie papierowej jest dopuszczalne tylko w określonych przypadkach).
