Ponieważ środek trwały został wniesiony aportem, z nabyciem nie wiązało się prawo do odliczenia podatku naliczonego (w dacie aportu czynność ta, odmiennie niż obecnie, była traktowana niepodlegająca opodatkowaniu VAT). Użytkowany przez podatnika środek trwały spełnia definicję towaru używanego z art. 43 ust. 2 ustawy o VAT (tzn. jest ruchomością, używaną przez podatnika przez minimum półroczny okres licząc od daty nabycia), więc jego sprzedaż będzie zwolniona z VAT. W związku z powyższym na pierwszy rzut oka mogłoby się wydawać, że kwestia sprzedaży tego środka trwałego nie powinna powodować żadnych skutków w zakresie podatku naliczonego. Jednakże, w przedstawionym stanie faktycznym, wątpliwości może budzić fakt, że środek trwały był modernizowany i podatnik odliczał podatek naliczony od zakupów związanych z tymi modernizacjami.

Zgodnie z art. 91 ust. 2 w przypadku towarów, które na podstawie przepisów Ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych są zaliczane przez podatnika do środków trwałych podlegających amortyzacji, z wyłączeniem tych towarów których wartość początkowa nie przekracza 15 000 zł. podatnik dokonuje korekty odliczonego podatku naliczonego przez okres 5 lat licząc od roku, w którym towary te zostały oddane do użytkowania. Jeśli w okresie korekty nastąpi sprzedaż towarów uważa się, że towary te są nadal używane na potrzeby czynności opodatkowanych podatnika aż do końca okresu korekty ( art. 91 ust. 4 ustawy o VAT). Jednakże jeśli sprzedawane towary są zwolnione z VAT (tak jak w przedstawionym stanie faktycznym) lub nie podlegają temu podatkowi  do obliczenia korekty przyjmuje się, że dalsze wykorzystywanie tego towaru jest związane wyłącznie z czynnościami zwolnionymi (art. 91 ust. 6 ustawy o VAT). Analizując przedstawione przepisy nie ulega wątpliwości, że sprzedaż środka trwałego w 5-letnim okresie korekty rodzi określone skutki po stronie podatku naliczonego. Czy jednak można wyciągnąć taki sam wniosek w przypadku sprzedaży modernizowanego  środka trwałego, jeśli ta modernizacja jest ulepszeniem w rozumieniu art. 16g ust. 13 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych?

Z cytowanych przepisów organy podatkowe wyprowadzają wniosek, że również ulepszenia środków trwałych podlegają korekcie, o której mowa w art. 91 ust. 2 ustawy o VAT. Takie stanowisko oparte jest głównie na twierdzeniu, zgodnie z którym skoro dla celów podatków dochodowych wartość ulepszeń powiększa wartość początkową i podstawę amortyzacji środków trwałych (co powoduje skutki zbliżone do zakupu takich środków) to również z punktu widzenia podatku VAT takie ulepszenia powinny być traktowane jak środki trwałe.

W przypadku stanu faktycznego przedstawionego w pytaniu oznacza to, że podatnik będzie zobowiązany do dokonania korekty odliczonego podatku od towarów i usług związanych z modernizacją sprzedawanego środka trwałego. Korekta obejmuje okres 5 lat począwszy od roku, w którym towar (modernizacja) zostały oddane do użytkowania. Korekta obejmie modernizacje z ostatnich 5 lat tj. od 2004 r. (korekta nie dotyczy wydatków poniesionych przed wejściem w życie nowej ustawy o VAT).

Niemniej jednak istnieją pewne wątpliwości czy zasadnym jest stosowanie przepisów dotyczących korekty, również w odniesieniu do korekty VAT naliczonego związanego z modernizacją środków trwałych. Z literalnej wykładni przepisów należałby raczej wyciągnąć wniosek, że korekta dotyczy jedynie nabycia środków trwałych (w ścisłym tego słowa znaczeniu). Przepisy ustaw dochodowym w sposób jasny i klarowny posługują się pojęciami „środek trwały” i „ulepszenie” (abstrahując od wpływu modernizacji na wartość początkową i amortyzację środka trwałego). W związku z powyższym rozciąganie pojęcia „ulepszenie” na „środki trwałe”, w ujęciu ustawy o VAT wydaje się być nieuprawnione.

Ponadto wątpliwości budzi zgodność tych przepisów z zasadą neutralności VAT, a w konsekwencji z prawem wspólnotowym. Jak wielokrotnie podkreślał ETS prawo do odliczenia podatku naliczonego jest fundamentalnym prawem podatnika VAT i poza przypadkami przewidzianymi w  dyrektywach nie powinno być ograniczane. Tymczasem w przypadku korekty VAT naliczonego związanego z modernizacją środków trwałych z takim ograniczeniem mamy do czynienia. Mimo, że dokonywane modernizacje były związane ze sprzedażą opodatkowaną, podatnicy są obligowani do korekty podatku naliczonego przez co częściowo tracą prawo do jego odliczenia. Fakt, że Dyrektywa 112/2006 również posługuje się pojęciem środka trwałego jest w tym przypadku bez znaczenia. Zgodnie z przepisami Dyrektywy, podatnicy mają obowiązek korekty podatku naliczonego związanego z nabyciem dóbr inwestycyjnych. Jednocześnie Dyrektywa nie definiuje tego pojęcia, pozostawiając tę kwestię do uregulowania państwom członkowskim. Polska nie skorzystała z tej możliwości i w słowniku ustawowym nie zamieściła definicji dobra/towaru inwestycyjnego. Jednak rozszerzanie tego pojęcia, przez wykładnię innych przepisów ustawy o VAT jest w mojej ocenie niezasadne.

[page_break]Podsumowując z literalnego brzmienia przepisów ustawy o VAT nie wynika obowiązek korekty podatku naliczonego w przypadku zbycia w okresie korekty środka trwałego, który podlegał modernizacjom. Jednakże organy podatkowe interpretują przepis art. 91 ust. 2 rozszerzająco i nakazują dokonywanie korekt również w przypadku zbycia w okresie korekty środka trwałego, który podlegał modernizacjom. Takie postępowanie jest jednak wątpliwe z punktu widzenia zasad wykładni prawa oraz zgodności z prawem wspólnotowym. Z praktycznego punktu widzenia zasadnym jest raczej dokonanie korekty i ewentualne wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z tego tytułu – unika się w ten sposób ryzyka powstania zaległości podatkowej.