Za pośrednictwem agencji celnej podatnik dokonał w 1999 roku zgłoszenia celnego leków. Zgłoszenie spełniało wymagania formalne, a więc importowany towar został objęty procedurą dopuszczenia do obrotu i organ celny określił kwotę długu celnego oraz kwotę podatku od towarów i usług, a podatnik uiścił podatek. Następnie tuż przed upływem terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej wszczęto postępowanie podatkowe, a po upływie terminu przedawnienia organy celne wydały decyzje określające zobowiązanie podatkowe w VAT w mniejszej wysokości niż wpłacony podatek, zadeklarowany w zgłoszeniu celnym.
Rozpatrując skargę podatnika na decyzję Dyrektora Izby Celnej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził nieważność decyzji organów obu instancji z uwagi na rażące naruszenie przepisów regulujących przedawnienie zobowiązań podatkowych i jego skutki. W ocenie WSA po upływie terminu przedawnienia wszczęte postępowanie wymiarowe (nawet jeśli w jego efekcie wysokość zobowiązania podatkowego byłaby mniejsza od zadeklarowanej przez podatnika) powinno być umorzone na podstawie art. 208 Ordynacji podatkowej.
Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Celnej od tego wyroku NSA w składzie zwykłym uznał, iż zachodzi potrzeba wystąpienia o wyjaśnienie zagadnienia prawnego budzącego poważne wątpliwości a mianowicie kwestii, czy w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 roku dopuszczalne jest w każdym czasie wszczęcie, prowadzenie i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w VAT, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej)?
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów przyjął sprawę do rozpoznania i wyrokiem z dnia 28 czerwca 2010 roku oddalił skargę kasacyjną Dyrektora Izby Celnej. Z uzasadnienia tego wyroku wyprowadzić można następującą tezę:
Teza
„W świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 roku nie jest dopuszczalne po upływie terminu przedawnienia wszczęcie, prowadzenie i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej).”
Komentarz
Omawiany wyrok jest niezwykle istotny dla podatników. NSA wyraźnie podkreślił w nim fundamentalne cechy instytucji przedawnienia zobowiązania podatkowego, akcentując mocno, że pełni ono funkcje gwarancyjne dla podatnika. Sąd wskazał, że na skutek upływu czasu następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika, który nabywa pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie.
NSA uznał, że podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości, niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. Stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikająca z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie przestanie istnieć, a termin przedawnienia zobowiązania nie biegnie dalej.
Odmienna jest natomiast sytuacja, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takim przypadku następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części; w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje i dalej biegnie termin jego przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego.
Sytuacja diametralnie zmienia się po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, albowiem nie ma już wówczas żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części, to w pozostałej – nadal istniejącej – części wygasł on na skutek przedawnienia.
Innymi słowy, po upływie terminu przedawnienia organy podatkowe nie mają już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z perspektywy interesów budżetowych może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Co istotne, powyższa zasada ma zastosowanie zarówno do sytuacji, gdy ewentualny wynik postępowania podatkowego mógłby doprowadzić do wymierzenia podatnikowi zobowiązania w wyższej kwocie niż pierwotnie przez niego zadeklarowana, jak i do tych sytuacji, w których efektem działań organów byłoby zmniejszenie kwoty zobowiązania podatkowego, co skutkowałoby przysporzeniem majątkowym po stronie podatnika.