Biorąc pod uwagę, że w założeniu wymiany gwarancyjnej wymieniony towar jest ekwiwalentem towaru wadliwego, najbardziej uzasadnione jest kontynuowanie odpisów amortyzacyjnych dokonanych od wadliwego środka trwałego. Jest to bowiem środek trwały nabyty na tej samej podstawie co uprzednio wadliwy, tożsamy co do rodzaju i służący realizacji tych samych celów gospodarczych.
Jako alternatywne rozwiązanie wskazuje się, by w momencie gdy uszkodzony środek trwały zostanie wyłączony z użytkowania wykreślić go z ewidencji środków trwałych a następnie, do ewidencji wprowadzić nowy środek trwały po dostarczeniu go przez producenta (np. Urząd Skarbowy w Kętrzynie sygn. US.III/415-21/06 oraz Pierwszy Śląski Urząd Skarbowy sygn. PSUS / PB-RI-PDP /423-271/P/268/ 06/ APM /104273)). Przepisy ustawy o CIT nie wskazują jednakże jak w takiej sytuacji określić wartość początkową środka trwałego. Wymiana gwarancyjna nie może być bowiem utożsamiana z żadną z form nabycia, o których mowa w art. 16g ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT m.in. nieodpłatnym nabyciem lub wytworzeniem we własnym zakresie.
W sytuacji wymiany gwarancyjnej w przypadku gdy nowy środek trwały zostanie wprowadzony do ewidencji, nie powinno dochodzić do zmiany wartości środka trwałego, w związku z czym wartość początkową nowego środka trwałego należy określić w takiej samej wysokości jak środka trwałego wycofanego z użytku. W przypadku wymiany gwarancyjnej środka trwałego nie ma potrzeby korygowania kosztów podatkowych o odpisy amortyzacyjne dokonane do momentu wyłączenia z użytkowania. W dacie dokonywania tych odpisów środek trwały służył wykonywaniu działalności gospodarczej przez podatnika w związku z czym istniał związek kosztu z przychodem.
W związku z faktem, że wadliwy środek trwały był już częściowo zamortyzowany aby suma odpisów amortyzacyjnych nie przewyższała wartości początkowej środka trwałego, można postąpić na kilka sposobów. Jedną z możliwości jest amortyzowanie nowego środka trwałego do jego wartości początkowej pomniejszonej o już dokonane odpisy od starego środka trwałego.
Inne wskazywane w praktyce rozwiązanie, to dokonywanie odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej nowego środka trwałego w tej samej wysokości co uprzednio od wadliwego urządzenia. W tym miejscu należy jednakże przywołać art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT, zgodnie z którym nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów z tytułu zużycia środków trwałych od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionych wydatkom na ich nabycie, odliczonym od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym albo zwróconym podatnikowi w jakiejkolwiek formie. Zacytowany powyżej przepis odnosi się do sytuacji, w której podatnik ostatecznie nie ponosi ciężaru finansowego związanego z nabyciem lub wytworzeniem środka trwałego.
[page_break]Dlatego organy podatkowe wskazują, iż odpisy amortyzacyjne dokonywane od nowo otrzymanego środka trwałego od wartości stanowiącej sumę odpisów amortyzacyjnych dokonanych od środka trwałego wadliwego, nie będą stanowiły kosztów uzyskania przychodów. Organy podatkowe nie wskazują w jaki sposób w praktyce należy rozpoznawać jako koszty podatkowe odpisy amortyzacyjne w tego rodzaju sytuacji. Potencjalnie za koszt podatkowy można uznawać dopiero odpisy amortyzacyjne, dokonane od momentu przekroczenia wartości stanowiącej sumę odpisów od środka wycofanego. To rozwiązanie wymaga wyłączenia z kosztów podatkowych wcześniejszych odpisów od nowego środka trwałego.
Niezależnie od przyjętego rozwiązania, efekt podatkowy będzie ten sam – suma odpisów amortyzacyjnych dokonanych od nowego i wymienionego środka trwałego nie będzie przekraczała wartości początkowej środka trwałego. Dlatego wobec braku podstawy prawnej dla określenia wartości początkowej otrzymanego w ramach wymiany gwarancyjnej środka trwałego, kontynuacja dotychczasowych odpisów amortyzacyjnych nie powinna być kwestionowana.