Przedsiębiorca prowadzący działalność gospodarczą polegającą na obrocie wyrobami akcyzowymi (produkcja, magazynowanie, transport) jest obowiązany ustalać ubytki wyrobów akcyzowych podlegające opodatkowaniu z uwzględnieniem decyzji właściwego naczelnika urzędu celnego, w której organ ustala normy dopuszczalnych ubytków wyrobów akcyzowych. Decyzja, o której mowa powyżej wydawana jest na wniosek przedsiębiorcy (art. 85 ust. 1 pkt 1a ) lub z urzędu (art. 85 ust. 2 pkt 1 a). Naczelnik urzędu celnego, ustalając normy dopuszczalnych ubytków wyrobów akcyzowych uwzględni:

1. rodzaj wyrobów akcyzowych;
2. specyfikę poszczególnych etapów produkcji i pozostałych czynności, w trakcie których może dojść do powstania ubytków wyrobów akcyzowych;
3. warunki techniczne i technologiczne występujące w danym przypadku;
4. maksymalne normy dopuszczalnych ubytków wyrobów akcyzowych określone w rozporządzeniu

Należy również wskazać, iż podatnikiem akcyzy jest także podmiot, u którego powstają ubytki wyrobów akcyzowych w przypadku, gdy nie jest on właścicielem tych wyrobów. Regulacja ta dotyczy w szczególności podmiotów prowadzących tzw. usługowe składy podatkowe.

Natomiast na podstawie art. 30 ust. 3 ustawy zwalnia się od akcyzy ubytki wyrobów akcyzowych powstałe wskutek zdarzenia losowego lub siły wyższej pod warunkiem, że podatnik wykaże zaistnienie okoliczności uprawniających do zwolnienia. Zwolnione z podatku są również ubytki wyrobów akcyzowych do wysokości ustalonej dla danego podmiotu przez właściwego naczelnika urzędu celnego w decyzji, o której mowa powyżej. W przypadku ubytków wyrobów akcyzowych przekraczających normy dopuszczalnych ubytków wskazanych dla danego podmiotu w decyzji naczelnika urzędu celnego, podatnik jest obowiązany, składać deklarację podatkową, obliczać oraz wpłacać akcyzę za w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ubytek został ustalony.
Stosownie do art. 21 ust. 9 ustawy ubytki ustala się w dziennych okresach rozliczeniowych. Zasada ta jednak ma zastosowanie w praktyce wyłącznie do przemieszczania wyrobów akcyzowych. W przypadku magazynowania, na podstawie stosownego rozporządzenia ubytki ustala się w większości przypadków w kwartalnych okresach rozliczeniowych, a w niektórych przypadkach – nawet w rocznych okresach rozliczeniowych.. Do ubytków stosuje się stawki podatku takie jakie są przewidziane dla danego rodzaju wyrobów.