Zgodnie z nowym brzmieniem art. 89b ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.; dalej: „ustawa o VAT”), podatnik który nie uregulował należności w terminie 150 dni od dnia upływu terminu jej płatności określonego w umowie lub na fakturze jest zobowiązany do korekty odliczonej kwoty podatku wynikającej z tej faktury.

Nowe brzmienie przepisów o uldze na złe długi wprowadzone ustawą z dnia 16 listopada 2012 r. o redukcji niektórych obciążeń administracyjnych w gospodarce (Dz. U. z 2012 r. poz. 1342) nie rozstrzyga jednak, czy mają one zastosowanie do kwoty tzw. kaucji gwarancyjnej, tj. powszechnie stosowanej w branży budowlanej formy zabezpieczenia późniejszych roszczeń inwestora budowlanego. Kaucję gwarancyjną określa się z reguły procentowo jako kwotę należności wynikającą z tytułu wykonanych robót budowlanych, która zostaje zatrzymana przez inwestora na określony w umowie czas gwarancji.

Odczytując literalnie art. 89b ust. 1 ustawy o VAT należałoby uznać, że inwestor, który zatrzymał na okres dłuższy niż 150 dni kaucję gwarancyjną powinien dokonać korekty podatku VAT naliczonego wynikającego z faktury wystawionej przez wykonawcę, ponieważ suma kaucji gwarancyjnej powinna zostać zakwalifikowana jako nieuregulowana należność w rozumieniu tego przepisu.
Jednak takie rozumienie art. 89b ust. 1 ustawy o VAT wydaje się być nieprawidłowe. Należy bowiem uznać, że zawarcie w umowie o roboty budowlane zapisu o kaucji gwarancyjnej trzeba traktować jako określenie drugiego terminu dokonania płatności za wykonane roboty budowlane. Wykonawca bowiem nie może stosownie do zawartej umowy domagać się płatności całości kwoty wynikającej z faktury, bowiem w umowie podzielono płatność na dwie części, płatne w dwóch różnych terminach: pierwszy to termin zapłaty określony w umowie lub fakturze, a drugi to termin wynikający z upływu okresu gwarancji. Tym samym, kwota zatrzymana przez inwestora tytułem kaucji gwarancyjnej stanie się wymagalna dopiero po upływie okresu gwarancji i dopiero od tego momentu rozpocznie swój bieg 150-dniowy termin, którego upłynięcie spowoduje obowiązek zastosowania przez inwestora korekty podatku VAT naliczonego w odniesieniu do kwoty kaucji gwarancyjnej.

Ponadto literalne rozumienie art.89b ust. 1 ustawy o VAT niweczyłoby sens stosowania kaucji gwarancyjnych, gdyż ograniczenie okresu gwarancji w przypadku projektów budowlanych do 150 dni nie stanowiłoby odpowiedniego zabezpieczenia interesu inwestorów.

Fakt, że przepisy dotyczące ulgi na złe długi w nowym brzmieniu obowiązują dopiero od 1 stycznia 2013 roku powoduje, że stanowisko organów podatkowych w kwestii traktowania na ich gruncie kaucji gwarancyjnej nie jest jeszcze ugruntowane. Jak dotąd, stanowisko korzystne dla inwestorów zajął Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji indywidualnej z dnia 27 marca 2013 roku (sygn. ITPP1/443-164/13/KM), w której wskazał, że termin płatności zatrzymanej części wynagrodzenia wykonawcy w postaci kaucji gwarancyjnej nastąpi po zakończeniu okresu gwarancji, a tym samym, w odniesieniu do inwestora art. 89b ustawy o VAT nie znajdzie zastosowania aż do dnia upływu okresu gwarancji.

Biorąc pod uwagę, że w odniesieniu do opisanego zagadnienia nie są znane inne orzeczenia organów podatkowych, pozostaje mieć nadzieję, że wszystkie organy podatkowe uznają, iż przepisy o uldze na złe długi nie znajdują zastosowania do kwot zatrzymanych tytułem kaucji gwarancyjnych, aż do momentu upływu okresu gwarancji określonego przez strony w umowie.