Z art. 43 ust. 1 ustawy o VAT  w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2010 r. wynikało, iż od podatku VAT zwolnione są usługi wymienione w załączniku nr 4 do ustawy. Zgodnie z pozycją 7 tego załącznika zwolnieniem od podatku VAT objęte były usługi w zakresie edukacji, sklasyfikowane w ramach kodu „ex” PKWiU 80. Zwolnienie w ustawie o VAT miało wówczas charakter przedmiotowy, gdyż miało zastosowanie bez względu na status podmiotu świadczącego usługi w zakresie edukacji oraz bez względu na cel, którym kierował się podmiot świadczący te usługi. W ustawodawstwie polskim całkowicie zwolniono usługi szkoleniowe spod opodatkowania podatkiem VAT.

Niemniej jednak, na gruncie prawa wspólnotowego, zgodnie z art. 132 ust. 1 lit. (i) Dyrektywy VAT, państwa członkowskie zwalniają z opodatkowania podatkiem VAT kształcenie dzieci lub młodzieży, kształcenie powszechne lub wyższe, kształcenie zawodowe lub przekwalifikowanie, łącznie ze świadczeniem usług i dostawą towarów ściśle z taką działalnością związanych, prowadzone przez odpowiednie podmioty prawa publicznego lub inne instytucje działające w tej dziedzinie, których cele uznane są za podobne przez dane państwo członkowskie. Zwolnienie zawarte w tym przepisie ma zatem charakter podmiotowy-przedmiotowy.

Dyrektywa VAT nakazuje zwolnić od podatku VAT wyłącznie takie usługi edukacyjne, które świadczone są przez odpowiednie podmioty prawa publicznego lub inne instytucje spełniające analogiczne cele. Zwolnieniem objęte są przy tym wyłącznie usługi świadczone w interesie publicznym. Zwolnienie od podatku VAT nie ma natomiast zastosowania wobec usług świadczonych przez podmioty, które nie działają w interesie publicznym. Ponadto, z przepisów wspólnotowych wynika, iż co do zasady, brak jest możliwości uznania za zwolnione od VAT usług w zakresie edukacji, jeśli wyłącznym celem podmiotu świadczącego takie usługi jest regularne osiąganie zysku.

Na gruncie ustawy o VAT wszelkie usługi szkoleniowe podlegają zwolnieniu od podatku VAT, podczas gdy w świetle przepisów wspólnotowych podmioty świadczące usługi szkoleniowe w celach komercyjnych nie mogą korzystać z przedmiotowego zwolnienia. W związku z powyższym, Polska poprzez zwolnienie od podatku wszelkich usług o charakterze edukacyjnym, bez względu na ich cel i charakter, dokonała nieprawidłowej implementacji art. 132 ust. 1 lit. (i) Dyrektywy VAT.

Skoro polski ustawodawca poprzez rozszerzenie katalogu usług w zakresie edukacji podlegających zwolnieniu od opodatkowania podatkiem VAT dokonał błędnej transpozycji postanowień dyrektywy do krajowego porządku prawnego, to podatnik ma prawo skutecznie powoływać się przed sądami krajowymi na przepisy Dyrektywy VAT, pod warunkiem, że są one wystarczająco jednoznaczne, precyzyjne i bezwarunkowe.

WSA w Warszawie w wyroku z 17 października 2011 r. sygn. III SA/Wa 456/11 podkreślił, iż  prawo do odliczenia podatku VAT, uregulowane w art. 168 Dyrektywy VAT jest przepisem o zastosowaniu bezpośrednim. Tym samym we wszystkich przypadkach, gdy dane państwo członkowskie ogranicza prawo do odliczenia w sposób niewynikający bezpośrednio z Dyrektywy VAT, podatnicy mogą powoływać się wprost na art. 168 Dyrektywy VAT, aby skutecznie uzasadnić swoje prawo do odliczenia. Podatnik nie może być pozbawiony możliwości odliczenia VAT naliczonego na podstawie przepisu, który był niezgodny z regulacjami unijnymi. Tym samym, wprowadzenie zwolnienia od VAT, które jest niezgodne z przepisami prawa wspólnotowego, nie może pozbawić podatnika do odliczenia podatku VAT z tytułu nabycia towarów i usług służących tym czynnościom.

W przedmiotowej sprawie WSA stwierdził, iż skoro usługi świadczone przez firmy szkoleniowe, ukierunkowane na regularne osiąganie zysku, nie mogły korzystać ze zwolnienia od VAT w świetle Dyrektywy VAT, podatnicy prowadzący działalność szkoleniową są uprawnieni do odliczenia podatku VAT od towarów i usług nabywanych w związku ze świadczeniem usług szkoleniowych.

W związku z powyższym nieprawidłowa implementacja przepisów Dyrektywy VAT do polskiego porządku prawnego nie stała na przeszkodzie odliczeniu podatku VAT naliczonego przez firmy szkoleniowe pomimo tego, że do końca 2010 r. usługi szkoleniowe podlegały zwolnieniu w świetle polskiej ustawy o VAT. Podatnicy nie mogą zostać pozbawieni możliwości odliczenia VAT naliczonego na podstawie przepisu, który był niezgodny z regulacjami unijnymi. Wprowadzenie niezgodne z przepisami prawa wspólnotowego, zwolnienia z podatku VAT nie może pozbawić podatników prawa do odliczenia tego podatku.

Stanowisko powyższe znajduje potwierdzenie w orzecznictwie sądów administracyjnych, zarówno w odniesieniu do tego, iż zakres przedmiotowy zwolnienia usług w zakresie edukacji od podatku VAT przewidziany w poz. 7 załącznika nr 4 do ustawy o VAT był niezgodny z zakresem określonym w art. 132 ust. 1 lit. (i) Dyrektywy VAT (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lipca 2009 r. sygn. I FSK 1244/08), jak i w zakresie istnienia po stronie podatnika prawa do odliczenia podatku w takim przypadku.