Prawidłowość powyższego sposobu implementacji przepisów unijnych wydaje się być wątpliwa. Zgodnie bowiem z art. 288 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskie (dawny art. 249 TWE) rozporządzenie ma zasięg ogólny, wiąże w całości i jest bezpośrednio stosowane we wszystkich Państwach Członkowskich. Na gruncie orzecznictwa TSUE oraz judykatury wykształciła się w tym zakresie tzw. zasada bezpośredniej stosowalności (direct applicability), która oznacza że rozporządzenie podlega automatycznemu stosowaniu w porządkach prawnych państw członkowskich bez podejmowania dodatkowych działań implementacyjnych.
W wyniku orzecznictwa TSUE1, wytworzył się ścisły zakaz stosowania krajowych środków implementacyjnych względem rozporządzeń. Oznacza to, że państwa członkowskie w swoim prawodawstwie nie mogą przyjmować środków legislacyjnych powtarzających postanowienia rozporządzenia, ponieważ taka praktyka mogłaby udaremnić bezpośrednie stosowanie rozporządzeń i niejako ukryć wspólnotowy charakter przywidzianych w nim rozwiązań prawnych. Jednostki mogłyby np. powziąć przekonanie, że ich sytuacja jest regulowana w akcie prawa krajowego, a nie w rozporządzeniu2.
Zasada bezpośredniej stosowalności wymaga również uchylenia wcześniejszych regulacji krajowych sprzecznych z postanowieniami rozporządzeń oraz obowiązek powstrzymania się od przyjmowania takich regulacji w przyszłości.
W wyroku z dnia 31 stycznia 1978 r. w sprawie 97/77 Fratelli Zerbone Snc przeciwko Amministratione delle Finanze dello Stato Trybunał Sprawiedliwości UE stwierdził, że państwo członkowskie może w wyjątkowych sytuacjach (np. w wyniku trudności interpretacyjnych) odstąpić od tej ogólnej zasady bezpośredniej stosowalności, lecz nie będą miały wówczas prawa dokonywać interpretacji takich regulacji, które w istocie pozostają prawem ponadnarodowym obowiązującym bezpośrednio również w innych państwach członkowskich.
W wyniku uchwalenia nowelizacji VAT ustawodawca polski słusznie wyeliminował regulacje, które po wejściu w życie rozporządzenia UE pozostawałyby w sprzeczności z jego postanowieniami. Jednakże, otwarte pozostaje pytanie czy organ podatkowy wydając decyzję, w której powołuje się na przepis ustawy o VAT, a nie na przepis rozporządzenia UE, postępuje zgodzie z prawem unijnym. Na podstawie orzecznictwa TSUE odpowiedź jest raczej negatywna, ze względu na charakter aktu prawnego jakim jest rozporządzenie. W myśl Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskie jest to bowiem tzw. środek unifikacji prawa na poziomie ponadnarodowym, a nie środek harmonizacji prawa, jakim jest dyrektywa. W tym świetle działanie polskiego ustawodawcy może być uznane za nielegalne. Ponadto, należy zadać pytanie czy w takiej sytuacji dopuszczalne jest dokonywanie interpretacji takich przepisów ustawy o VAT przez Ministra Finansów (np. w drodze wydania interpretacji indywidualnej). W przypadku przyznania mu takiego prawa, doprowadzić to może do sytuacji w której organy interpretacyjne różnych państw członkowskich mogłyby na swój sposób dokonywać interpretacji postanowień rozporządzenia UE, co miałoby skutek przeciwny do traktatowej konstrukcji rozporządzenia jako środka do unifikacji prawa unijnego.
2) J. Barcz (red.), Ustrój Unii Europejskiej, Instytut Wydawniczy EuroPrawo, Warszawa 2009, s.IV-23.