Stan faktyczny oraz stanowisko NSA
We wniosku o udzielenie urzędowej interpretacji prawa podatkowego podatnik podał, że dla potrzeb działalności gospodarczej zakupił samochód osobowy Volkswagen Toran VAN 2.0 TDI. Zaprezentował stanowisko, że ponieważ pojazd zakupiono dla celów działalności gospodarczej, to przysnuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z tym zakupem. Wskazał, że przepis art. 86 ust. 3 u.p.t.u. w zakresie, w jakim ogranicza prawo podatnika do pomniejszenia podatku należnego, jest niezgodny z art. 17 ust. 1 VI Dyrektywy.

Ponownie rozpoznając wniosek (uprzednie rozstrzygnięcia organów obu instancji zostały uchylone wyrokiem WSA w Gdańsku), Naczelnik Urzędu Skarbowego a następnie Dyrektor Izby Skarbowej uznali stanowisko podatnika za nieprawidłowe. Organy stwierdziły bowiem, że porównanie przepisu art. 25 ust.1 pkt  2 ustawy o VAT z 1993 r. z art. 86 ust. 3 u.p.t.u. upoważnia do stwierdzenia, że ostatnio wymieniony przepis jest korzystniejszy, jeśli chodzi o samochody osobowe, niż poprzedni, gdyż pozwala odliczyć 50% podatku naliczonego, nie więcej niż 5000 zł, podczas gdy przepis ustawy o VAT z 1993 r. prawa do odliczenia przy takim nabyciu w ogóle nie przewidywał.

W skardze do WSA podatnik podniósł, że przepis art. 86 ust. 3 u.p.t.u. ograniczył jej możliwości odliczenia, jako że kupił on samochód o dopuszczalnej ładowności ponad 500 kg, który mógłby uzyskać homologację samochodu ciężarowego i wówczas podatnik mógłby odliczyć podatek naliczony w pełnej wysokości.

WSA skargę spółki oddalił, podtrzymując pogląd organów. Sąd wskazał przy tym, że stan faktyczny podany we wniosku był dla organów wiążący, a wynikało z niego, że podatnik nabyła samochód osobowy. Skarga kasacyjna spółki od wyroku WSA została przez Naczelny Sąd Administracyjny oddalona, który zasadniczo podzielił stanowisko prezentowane przez organy.

Teza
Na podstawie uzasadnienia wyroku NSA można sformułować następującą tezę:
„Porównując możliwość przewidzianą w art. 86 ust. 3 u.p.t.u. dokonania odliczenia podatku naliczonego (choć w niepełnej wysokości) przy nabyciu samochodu osobowego z zupełnym brakiem takiej możliwości pod rządami art. 25 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT z 1993 r. uprawniony jest wniosek, że wprowadzone w u.p.t.u. rozwiązanie nie ogranicza prawa do odliczenia, a wręcz odwrotnie, prawo to rozszerza. Jest to więc rozwiązanie zgodne z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy.”

Komentarz
Oceny polskich rozwiązań ustawowych w zakresie możliwości odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu paliwa do napędu samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych dokonał ETS w wyroku z dnia 22 grudnia 2008 r., C-414/07 w sprawie Magoora sp. z o.o. przeciwko Dyrektorowi Izby Skarbowej w Krakowie. W wyroku tym ETS odniósł się do wynikającej z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy klauzuli „stand still”, zgodnie z którą państwa członkowskie mogły w momencie wejścia w życie VI Dyrektywy utrzymać te ograniczenia w prawie do odliczenia, które obowiązywały przed wejściem w życie tej dyrektywy. ETS stwierdził, że uchylenie „starych” ograniczeń w prawie do odliczenia i zastąpienie ich w tym samym dniu innymi, „samo w sobie” nie narusza wskazanej klauzuli. Rzecz w tym, aby te nowe ograniczenia dotyczące prawa do odliczenia podatku naliczonego nie były szersze niż obowiązujące przed akcesją. Omawiane orzeczenie Trybunału stwierdzało, że rzeczą sądu krajowego jest zbadanie, czy nowe przepisy, obowiązujące od akcesji, nie rozszerzały zakresu wyłączeń prawa do odliczenia ponad te, które istniały przed akcesją.

Z tej właśnie, wskazanej przez ETS możliwości, skorzystał Naczelny Sąd Administracyjny, a wcześniej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, badając kwestię dopuszczalności odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu przez podatnika w 2004 r. samochodu osobowego. Sądy obu instancji dokonały porównania ograniczeń w prawie do odliczenia przy nabyciu samochodu osobowego wynikających z art. 25 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT z 1993 r. z tymi, które przewidywał w 2004 r. (a więc w roku nabycia takiego samochodu przez podatnika) przepis art. 86 ust. 3 u.p.t.u. Z porównania tego wynikało, że o ile przepis art. 25 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT z 1993 r. w ogóle wykluczał jakiekolwiek odliczenie podatku naliczonego przy nabyciu samochodu osobowego, o tyle art. 86 ust. 3 nowej ustawy o VAT taką możliwość przewidywał, aczkolwiek w ograniczonym zakresie (50% podatku naliczonego, nie więcej niż 5000 zł). Przywiodło to sądy do wniosku, że zawarte w art. 86 ust. 3 u.p.t.u. unormowanie w odniesieniu do nabywanych przez podatników samochodów osobowych nie tylko nie rozszerzało zakresu ograniczeń prawa do odliczenia, a wręcz przeciwnie, prawo to rozszerzało. W rezultacie uznano, że przepis art. 86 ust. 3 u.p.t.u. nie narusza w warunkach rozpoznawanej sprawy klauzuli wynikającej z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy.

Podkreślić przy tym należy, że analizowane orzeczenie NSA oraz wynikające z niego konsekwencje dla podatników (odliczenie podatku naliczonego przy nabyciu samochodów osobowych jedynie w granicach określonych w art. 86 ust. 3 u.p.t.u.) dotyczy tylko oceny zgodności art. 86 ust. 3 u.p.t.u. z art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy w odniesieniu do nabycia przez podatnika samochodu osobowego. Kwestia oceny tego przepisu na tle uprawnień podatników do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu paliw do napędu innych pojazdów samochodowych będzie niebawem (w czerwcu 2010 r.) przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego, który rozpozna skargę kasacyjną od wyroku WSA w Krakowie, wydanego w sprawie spółki Magoora.